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R語言代碼調試

 gearss 2018-04-16



      Norman Matloff PeteSalzman在其著作《TheArt of Debugging, withGDB,DDD,Eclipse》中曾說過,確認原則是調試的本質。程序員編寫程序是為實現(xiàn)特定目的,而一個程序可以由許多目的組成,調試是確認某些目的是否達到了,如果未能達到目的,那么便可通過在調試中查看變量,發(fā)現(xiàn)問題癥結,進而解決問題。

    在R中進行debug有幾種不同方式,你如果使用諸如Rstudio等圖形軟件,調試代碼很容易,所有的調試都在圖形界面下完成,你只需要根據(jù)需求在圖形界面下點擊相應選項來進行斷點設置、單步執(zhí)行、查看變量等操作,查找問題癥結。但如果在命令行界面下調試R代碼,那就得要借助于一些特別的調試工具。R的基礎軟件包base中包含了一些基本的調試工具,當然CRAN中也有一些其它優(yōu)秀的調試工具。

    對于一般用戶來說,掌握base中的基本調試工具就能滿足大部分需求,下面介紹R基本軟件包base中的調試工具的使用方法(也包含setBreakpoint(),其位于utils包中)。   

   由于在啟動和關閉調試中需要用到部分調試命令,這里就先介紹進入調試模式后需要用到的一些基本命令。


    1.基本調試命令

    在進入dedbug調試狀態(tài)后,命令提示符從>變?yōu)?/span>Browse[d]>(d表示函數(shù)調用鏈的深度),可以通過一些基本的命令來進行控制:

  • n(表示next): 告訴R執(zhí)行下一行代碼,并且執(zhí)行完后馬上暫停,實際就是一行一行地執(zhí)行代碼。相當于C語言開發(fā)工具Turbo C中的trace into。
  • c(表示continue):表示會執(zhí)行若干條語句。若當前處在循環(huán)中,這一步會執(zhí)行完整個循環(huán),若當前處在函數(shù)內但又不再循環(huán)中,則會執(zhí)行完當前函數(shù)。相當于C語言開發(fā)工具Turbo C中的step over。
  • where: 輸出一份棧跟蹤路徑,顯示到達當前位置的過程中函數(shù)的調用序列。
  • Q: 退出brower,返回R的主交互模式。
  • 任意R命令: 即使在調試狀態(tài)browser中,依然處于R的交互模式中,所以你可以用任意R命令。



    2啟動和關閉調試

    R的核心調試工具由browser構成,通過browser,你可以逐行運行代碼,并在運行過程中進行檢查,查看變量。在調試代碼時,我們首先要讓程序進入調試狀態(tài),有下列幾種方式可以實現(xiàn)。


    2.1 在代碼中的指定位置加入browser()

   開啟調試:

      在R源文件中的指定位置插入函數(shù)browser(),保存源文件,運行源程序,程序一旦運行到browser()處,將會自動進入debug狀態(tài)。

   取消調試:

      但當用戶完成調試后,需要手動刪除源文件中的browser()函數(shù),否則每次運行到browser()位置都會進入debug狀態(tài)。

       temp_test.R:

           (PS:此文件在下面會多次用到,所以貼出來,但后續(xù)用到時已經(jīng)刪除了browser()) 

  1. countsum <- function(count)  
  2. {  
  3.     sum <- 0  
  4.     for (i in 1:count)  
  5.     {  
  6.         sum <- sum + i  
  7.     }  
  8.     browser()  
  9.     return (sum)  
  10. }  
  11. results <- countsum(100)  
  12. print(results)  
  13.    
    運行之后:

  1. > source("temp_test.R")  
  2. Called from: countsum(100)  
  3. Browse[1]>  


    2.2調用debug()

    R的調試工具是針對單個函數(shù)的,由于擁有函數(shù)式編程的特性,R的每一個運算符,實際上也是函數(shù)(關于R函數(shù),可參考這里),這里所說的函數(shù)不包括一般的運算符。

   開啟調試:

      執(zhí)行命令debug(fun)

            fun指函數(shù)名,這樣每次調用函數(shù)fun()都會進入調試狀態(tài)。

    取消調試:

       執(zhí)行命令undebug(fun)

       再次調用函數(shù)fun()將不會進入調試狀態(tài)。

   如下例所示: 

  1. > source("temp_test.R")  
  2. [1] 5050  
  3. > debug(countsum)  
  4. > countsum(10)  
  5. debugging in: countsum(10)  
  6. debug at temp_test.R#1: {  
  7.     sum <- 0  
  8.     for (i in 1:count) {  
  9.         sum <- sum + i  
  10.     }  
  11.     return(sum)  
  12. }  
  13. Browse[2]> n  
  14. debug at temp_test.R#2: sum <- 0  
  15. Browse[2]> n  
  16. debug at temp_test.R#3: for (i in 1:count) {  
  17.     sum <- sum + i  
  18. }  
  19. Browse[2]> sum  
  20. [1] 0  
  21. Browse[2]> c  
  22. exiting from: countsum(10)  
  23. [1] 55  
 

    2.3調用debugonce()

     debug()的調用方式一樣,區(qū)別在于:debugonce()只會在設置之后的第一次調用時進入調試狀態(tài)且只只進入一次,而debug()可以進入無限多次直到通過undebug()取消調試。


    2.4用函數(shù)trace()進行跟蹤

    trace(fun,tracer)

    fun表示需要跟蹤或者取消跟蹤的函數(shù)名;racer表示跟蹤的對象,可以是某個函數(shù),也可以是函數(shù)中的某個表達式。

    開啟調試:

      執(zhí)行命令trace(fun,tracer)

      每次調用函數(shù)fun(),都會顯示表達式的值,或者對函數(shù)進行某些操作。

    取消調試:

      執(zhí)行命令untrace(fun)

      取消對某個函數(shù)的跟蹤。

   如下例所示:

  1. > source("temp_test.R")  
  2. [1] 5050  
  3. > trace(countsum,sum)  
  4. [1] "countsum"  
  5. > countsum(10)  
  6. Tracing countsum(10) on entry  
  7. [1] 55  
  8. > untrace(countsum)  
  9. > trace(countsum,browser())  
  10. Called from:methods::.TraceWithMethods(countsum, browser(), where =<environment>)  
  11. Browse[1]> Q  
  12. > rm(list = ls())  
  13. > source("temp_test.R")  
  14. [1] 5050  
  15. > trace(countsum,sum)  
  16. [1] "countsum"  
  17. > countsum(10)  
  18. Tracing countsum(10) on entry  
  19. [1] 55  
  20. > untrace(countsum)  
  21. > trace(countsum,browser)  
  22. [1] "countsum"  
  23. > countsum(20)  
  24. Tracing countsum(20) on entry  
  25. Called from: eval(expr, envir, enclos)  
  26. Browse[1]> n  
  27. debug: {  
  28. sum <- 0  
  29. for (i in 1:count) {  
  30. sum <- sum + i  
  31. }  
  32. return(sum)  
  33. }  
  34. Browse[2]> c  
  35. [1] 210  


    2.5.設置斷點setBreakpoint()

    setBreakpoint()位于utils包中,R版本需要>=2.10

    setBreakpoint(filename,linenumber)

  表示會在源文件filename的第linenumber行設置斷點,但是實際上是通過函數(shù)來進行設置的,這點需要注意,即只有所設置的斷點處于文件中的某個函數(shù)內才是有效的。此函數(shù)可以用在debug調試狀態(tài)中,在單步調試過程中,當設置了斷點后,可以讓程序直接運行到到斷點處,這在調試過程中很有用處。

    開啟調試:

      執(zhí)行命令setBreakpoint(filename,linenumber)

      然后再執(zhí)行代碼,當代碼運行到斷點處即進入調試狀態(tài)。

    取消調試:

      執(zhí)行命令untrace(fun)

          fun表示函數(shù)名,Breakpoint要設在函數(shù)內才有效,所以應當通過函數(shù)來取消斷點setBreakpoint()是通過調用trace()發(fā)揮作用的。

   如下例所示:

  1. >source("temp_test.R")  
  2. [1]5050  
  3. >setBreakpoint("temp_test.R",3)  
  4. /home/sheng/WinD/test/temp_test.R#3:  
  5. countsumstep 3 in <environment: R_GlobalEnv>  
  6. >countsum(20)  
  7. temp_test.R#3  
  8. Calledfrom: countsum(20)  
  9. Browse[1]>n  
  10. debug:for (i in 1:count) {  
  11.     sum<- sum + i  
  12. }  
  13. Browse[2]>where  
  14. where1: countsum(20)  
  15. Browse[2]>sum  
  16. [1]0  
  17. Browse[2]>c  
  18. [1]210  



參考:

[1] Norman Matloff著,陳堰平等譯.R語言編程藝術.機械工業(yè)出版社,2013-05






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