大型的國際項目如TCGA，GTEx創(chuàng)造出了大量的轉錄組數(shù)據(jù)，為人們提供了數(shù)據(jù)挖掘、理解基因功能的機會。為了讓沒有生物信息學背景的研究人員也能夠輕易獲取、分析生物大數(shù)據(jù)，北京大學張澤民教授實驗室的唐澤方等人通過 R 、Perl等語言對數(shù)據(jù)進行處理、可視化，設計了癌癥大數(shù)據(jù)分析網(wǎng)站GEPIA 。研究人員能夠通過GEPIA來提出問題或是驗證假設。

GEPIA提供了關鍵的交互分析和定制功能，包括腫瘤/正常差異表達譜分析、剖面繪制、病理分期、患者生存分析，相似基因檢測分析和降維分析。通過簡單的點擊GEPIA 就可以進行綜合全面的表達分析。接下來我們就詳細地介紹下：

1、首先，打開網(wǎng)站：http://gepia./

2、輸入你關注的基因，例如'KRAS'。打開后顯示該基因在人體的表達情況：

也可以查看該基因在不同腫瘤中的表達情況：

查看該基因在癌組織與癌旁組織中的表達情況：

3、點擊differential gene，可以用ANOVA來統(tǒng)計某種腫瘤中的差異基因

差異基因有不同的顯示形式，如下圖是在染色體中的位置，此外差異列表也可以以箱線圖的方式顯示：

4、GEPIA還能搜尋共表達基因，選擇腫瘤和對應的正常組織，就能看共表達趨勢了：

接下來就可以看到共表達的散點圖：