在芯片測序類文章能發(fā)幾分一文中，我們分析了17年的芯片測序類文章的整體情況，結果表明circRNA的文章還是蠻堅挺的。

目前circRNA可用的數據庫同它的相關文章一樣還比較少，今天給大家扒一扒circRNA有哪些好用的數據庫。

在circBase（http://www./cgi-bin/listsearch.cgi）中，我們可以通過circRNA名稱（hsa_circ_0010153），轉錄本名稱（NM_133494），染色體定位（chr1:12359258-12382803）檢索circRNA的信息（序列，定位，gene_symbol等信息），你也可以直接檢索mRNA相關（TP53）或是生物學過程相關（apoptosis）的circRNA。

circBase有blat功能可以進行序列比對，用于了解基因的物種保守性，不過物種較少

推薦使用UCSC（http://genome./）的blat功能

其實circBase的序列信息還是源于UCSC

但是在UCSC中直接用hsa_circ_0010153直接搜，還偏偏搜不出下面這樣的結果

點開一條序列，即可獲取該條序列的信息

前面在circBase中，我們已經獲取了circRNA的位置信息了，所以就不需要再一個個點開查看基因序列了，直接在UCSC中輸入位置信息即可獲得完整的基因序列。

那我們獲取了基因序列可以干嘛呢？第一反應當然是預測miRNA咯~

在RegRNA 2.0（http://regrna2.mbc./）中，我們可以用基因序列做很多事情，當然也包括預測miRNA。

miRNA預測結果如下

嫌上面這個預測circRNA的miRNA太麻煩？那你可以試試CircInteractome（https://circinteractome.nia./）

就是這么簡單粗暴

以上的檢索結果如果都不能讓你滿意，你可以試試曲線救國的方式，用circRNA的gene sybmol來搜索相關的miRNA，比如hsa_circ_0009973的gens symbol是

VPS13D。不過這樣一來你得確認circRNA與miRNA結合區(qū)域在mRNA和circRNA序列中都是存在的，如果結合區(qū)域由于剪切方式不同在circRNA中被剪沒了那就玩不起來了。此外由于circRNA是環(huán)狀的，所以在和miRNA結合時，自由能等等參數肯定會由于分子構象發(fā)生改變，所以預測的準確性也會打折扣。