公元1368年，傳五世十一帝，歷時九十八年的元朝被朱元璋干翻了，但是他們的末代皇帝元順帝既沒有戰(zhàn)死，也沒有自殺，而是率著為數(shù)不多的軍隊和王族退回了蒙古高原，這不得不說是個奇跡。要知道當(dāng)年的遼、金、西夏等少數(shù)民族政權(quán)可都是被滅國了。

不過話雖如此，可元順帝“去國懷鄉(xiāng)”的憂愁肯定還是有的，再加上明朝大軍對他連續(xù)不斷的追擊，更使他惶惶不可終日，終于還是在兩年后去世了。

元順帝的兒子愛猷識理達(dá)臘得知父親去世的消息后，便在哈拉和林繼位，是為元昭宗，將殘元政權(quán)又維持了八年，還希望有朝一日能夠重登中國的皇位。公元1372年，明朝大將徐達(dá)率軍攻向了哈拉和林，結(jié)果遭到了他們的強(qiáng)烈抵抗，所幸明朝大軍戰(zhàn)線過長，后援不繼，這才讓他們躲過一劫。

公元1378年，愛猷識理達(dá)臘懷著滿腔遺憾去世了，其子脫古思帖木兒繼位。此時殘元所控制的領(lǐng)土已經(jīng)縮小到了蒙古帝國最初興起時的規(guī)模，恢復(fù)祖上的榮光更顯得毫無可能了。十年后，明朝大將藍(lán)玉率軍擊敗了脫古思帖木兒的軍隊，殘元諸王、平章以下官員三千多人及軍士七萬多人被俘，脫古思帖木兒逃走后被其部將所殺。

至此，忽必烈家族的殘元政權(quán)喪失了在蒙古人中至高無上的地位，以至于大多數(shù)蒙古族部落宣布自立。后來蒙古韃靼部首領(lǐng)鬼力赤，打敗了最后一任殘元皇帝額勒伯克并將其殺死，取得了統(tǒng)治各部的霸權(quán)。至此，茍延殘喘了29年的殘元政權(quán)滅亡，蒙古各部又回到了爭奪蒙古帝國大汗寶座的紛爭當(dāng)中。

然而，鬼力赤的汗位也沒保持多久，便在1400年被阿蘇特部的阿魯臺和衛(wèi)拉特部的馬哈木聯(lián)軍所敗?？伤麄儍扇硕疾幌氤蔀槊晒诺蹏拇蠛?，他們最希望的還是自己的部落能夠獨(dú)立于蒙古人之外而獲得認(rèn)可，所以在打敗了鬼力赤之后，他們便向明朝效了忠。對于這樣的臣服，明朝自然是求之不得，給予了他們極大的幫助和支持。

靠著這種支持，他們將其霸權(quán)擴(kuò)張到了從貝加爾湖西岸到額爾齊斯河上游的整個西蒙古地區(qū)。

同樣的也是好景不長，鬼力赤的兒子額色庫重新崛起，開始了和阿魯臺、馬哈木之間的爭奪戰(zhàn)，雙方一打就是十幾年，一直到1425年額色庫病死。在此期間，殘元末代皇帝額勒伯克之子本雅失里復(fù)辟了自己的汗位，宣布自己為蒙古帝國新的大汗，作為黃金家族的后代，他無疑要比阿魯臺和馬哈木更具號召力，很快，包括阿魯臺在內(nèi)的蒙古其他各部就聚集在了這位正統(tǒng)代表的身邊。

這種結(jié)果對于明朝而言顯然是最不愿意看到的，于是就讓他們臣服，可希望重現(xiàn)祖上輝煌的本雅失里怎會同意，于是永樂大帝朱棣開始親率大軍對他們進(jìn)行了征討，在1410年到1411年擊潰了本雅失里和阿魯臺的大軍。這次失敗對本雅失里是致命的，因為這使他喪失了作為大汗的權(quán)威，次年馬哈木就將其徹底擊敗，成為了新的大汗。

成了新大汗的馬哈木一改往日對大明的臣服，毫不猶豫選擇了斷交，結(jié)果引來了永樂大帝的再次親征，隨后馬哈木不敵，率軍逃走，大汗的寶座再次空缺。此時，居住在滿洲邊境的科爾沁部首領(lǐng)阿臺在公元1425年率眾占領(lǐng)了蒙古中東部地區(qū)，成為了蒙古帝國新的大汗。

阿臺是成吉思汗胞弟拙赤合撒兒的后裔，也是屬于黃金家族。雖然明朝對于衛(wèi)拉特部的背叛不能容忍，但為了消滅在蒙古人中具有崇高威望的黃金家族，他們又開始支持衛(wèi)拉特部，當(dāng)然了，對于這種支持，衛(wèi)拉特部自然是欣然接受的。

就在衛(wèi)拉特部實力削弱的時候，成吉思汗的后裔們并沒有立即組織反攻，因為此時的他們正在互相殘殺。

公元1478年，成吉思汗的第27代繼承人滿都魯可汗，在和自己的侄孫以及繼承人博勒呼濟(jì)農(nóng)的爭奪中雙雙去世。如此一來，一度人丁興旺的黃金家族中，就只剩下了一個五歲的孩子，也就是博勒呼濟(jì)農(nóng)的兒子巴圖孟克。

此時的小巴圖孟克可以說是不幸的，家族長輩都在內(nèi)訌中死去了，就連他的母親都拋下他改嫁了，但萬幸的是，滿都魯可汗的遺孀滿都海福晉將其置于自己的保護(hù)下，不但撫養(yǎng)其成人，還在公元1480年宣布其為新的大汗。更為難得可貴的是，滿都海福晉作為一女人，親自率軍出征，徹底消滅了仇敵衛(wèi)拉特部，為巴圖孟克日后統(tǒng)一漠南蒙古，成為蒙古的“中興之主”奠定了基礎(chǔ)。

巴圖孟克是蒙古帝國統(tǒng)治時間最長的大汗，前后在位38年整。

公元1517年，巴圖孟克去世，終年44歲，其長孫博迪繼承了大汗位。此時雖然廣大的領(lǐng)土都已被巴圖孟克眾多子孫瓜分完了，但蒙古帝國的大汗位卻一直穩(wěn)固在巴圖孟克的長支后裔中傳承，一直歷經(jīng)博迪汗、庫登汗、札薩克圖汗、布延徹辰汗，最后到蒙古的末代大汗林丹汗。

林丹汗并不是一個昏庸無能的可汗，他試圖恢復(fù)蒙古的統(tǒng)一，重建成吉思汗的霸業(yè)，可此時東方的通古斯人（女真族）正在崛起，對他產(chǎn)生了巨大的威脅。為此，他采取了聯(lián)明抗金的方針，對內(nèi)則謀求控制蒙古其他部隊，而且他以“攘外必先安內(nèi)”為原則，優(yōu)先進(jìn)行對蒙古的統(tǒng)一，避免與后金正面交鋒。

公元1627年，林丹汗西遷，平定了右翼諸部。

公元1632年，后金皇太極討伐林丹汗，林丹汗遠(yuǎn)遁青海。兩年后，林丹汗因天花病死在青海大草灘，終年43歲。

翌年，其子額哲投降后金，整個漠南蒙古完全納入了后金帝國的版圖，至此，蒙古帝國也永遠(yuǎn)的消失了。