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綜合數(shù)據(jù)庫(kù)： 最權(quán)威的生物信息學(xué)網(wǎng)址鏈接：http://www. 生物信息學(xué)網(wǎng)址鏈接：http://www./links_directory/ Nucleic Acid Research Database Issue：http://nar./content/vol32/suppl_2/ 一、蛋白相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)工具 Esignal：http://motif./esignal/ 信號(hào)傳導(dǎo)系統(tǒng)蛋白的結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)工具，凡是涉及到信號(hào)傳導(dǎo)系統(tǒng)的蛋白用這個(gè)預(yù)測(cè)效果最佳 SignalP：http://www.cbs./services/SignalP/ 信號(hào)肽預(yù)測(cè)工具，適合定位于非胞質(zhì)位置的蛋白質(zhì) Emotif：http://motif./emotif-search/ 結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)工具，由于其用motif電子學(xué)習(xí)的方法產(chǎn)生結(jié)構(gòu)域模型，故預(yù)測(cè)效果比Prosite好 Ematrix：http://fold./ematrix/ 是用Matrix的方法創(chuàng)建的結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù)，可與emotif互相印證。其速度快，可快速搜索整個(gè)基因組 InterPro：http://www./InterProScan/ EBI提供的服務(wù)，用圖形的形式表示出搜索的結(jié)構(gòu)域結(jié)果 TRRD：http://wwwmgs.bionet./mgs/gnw/trrd/ 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)的最好數(shù)據(jù)庫(kù)。但不會(huì)用 Protscale：http://cn./cgi-bin/protscale.pl 可分析該序列的各種性狀如活動(dòng)度、親水性（Kyte&Doolittle）、抗原性（Hopp&Woods）等 通過(guò)尋找MOTIF和Domain來(lái)分析蛋白質(zhì)的功能 A. MOTIF是蛋白中較小的保守序列片斷，其概念比Domain小 PROSITE：http://cn./tools/scanprosite/ 是專門搜索蛋白質(zhì)Motif的數(shù)據(jù)庫(kù)，其中signature seqs是最重要的motif信息 B. Domain：若干motif可形成一個(gè)Domain，每個(gè)Domain形成一個(gè)球形結(jié)構(gòu)，Domain與Domain之間通常像串珠一樣相連 Pfam：http://www. 可以搜索某段序列中的Domain，并以圖形化表示出來(lái)。這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)非常重要。用法：在搜索欄中輸入蛋白的swissprot的序列號(hào) CDD：http://www./interpro/ NCBI搜索時(shí)在每個(gè)蛋白質(zhì)Link旁都有Blink，Domains兩個(gè)鏈接。Domains可以直接看到這個(gè)蛋白的確定的結(jié)構(gòu)域。如果要在CDD數(shù)據(jù)庫(kù)尋找Domain信息，則可進(jìn)入Blink鏈接，再進(jìn)行CDD搜索，就可以了?？碊omain的詳細(xì)信息可以到：http://www./interpro/上進(jìn)行搜索查看 蛋白跨膜序列分析 kyte-Doolittle疏水性分析：每個(gè)等于或高于1.8的峰都可能是跨膜結(jié)構(gòu)域 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)工具 PREDATOR：http://npsa-pbil./cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_preda.html 蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)工具 蛋白質(zhì)糖基化位點(diǎn)的預(yù)測(cè) http:///browse/mesh/C0017982L1222670.html 這是個(gè)綜合連接。包括：DictyOGlyc prediction server，NetOGlyc prediction server，YinOYang server，META II PredictProtein server，O-GLYCBASE，GlycoMod tool 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù) MMDB：http://www.ncbi.nlm./Structure/MMDB/mmdb.shtml NCBI的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，要使用Cn3D v4.1軟件觀看 PDB：http://www./pdb/ Protein Data Bank, 要使用Swiss PDB viewer軟件觀看 蛋白質(zhì)綜合數(shù)據(jù)庫(kù) PIR：http://pir. Uniprot http://www.pir. 二、核酸相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù) 三大主要核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)： EMBL：http://www./embl/ GenBank：http://www.ncbi.nlm./Genbank/ DDBJ：http://www.ddbj. RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)及非編碼區(qū)功能預(yù)測(cè)： RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)：http://www.genebee./services/rna2_reduced.html 速度快，生成圖像 最好的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)軟件：mfold UTR功能區(qū)預(yù)測(cè)：http://bighost.area.ba./BIG/UTRHome/ 預(yù)測(cè)mRNA翻譯能力的在線工具：http://wwwmgs.bionet./programs/acts2/ma_mRNA.htm 其說(shuō)明書(shū)在：http://wwwmgs.bionet./mgs/papers/kochetov/bioinf/ RegRNA:http://bidlab.life./RegRNA2/website/ RFAM：http://www./Software/Rfam/ RNA world：http://www./RNA.html RNA resource Links：http://bidlab.life./RegRNA2/website/references/ 基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù) EPD http://www.epd. 真核生物啟動(dòng)子，好用 TRRD：Transcription Regulatory Regions Database 可搜索某一基因的調(diào)控區(qū)及相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子 TRANSFAC：http://www. 可搜索所有轉(zhuǎn)錄因子的數(shù)據(jù)，好用 啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫(kù)：http://www.epi. 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn) http://www./content/vol3/issue3/full/2/bip/ 電子延伸相關(guān)在線軟件 意大利CAP3軟件：http://bio./ASSEMBLY/assemble.html 強(qiáng)烈推薦使用，使用時(shí)只需將整個(gè)Unigene全部序列文件輸入就可以了 序列比對(duì)在線軟件 Multialin：http://prodes.toulouse./multalin/multalin.html 最好的多序列比對(duì)在線工具 FASTA：http://www./fasta/，http://fasta.bioch. BLAST：http://www.ncbi./BLAST/ Motif的發(fā)現(xiàn)與利用Motif發(fā)現(xiàn)新的功能基因 MEME：http://meme./meme/website/intro.html 可以發(fā)現(xiàn)幾個(gè)序列所共有的motif以及根據(jù)已知的motif搜索est數(shù)據(jù)庫(kù)以發(fā)現(xiàn)新的基因，此軟件輸出結(jié)果不好讀懂 BLOCK Maker：http://blocks. in which Block maker is Very Good http://bioinformatics./blocks/blockmkr/www/make_blocks.html 可通過(guò)蛋白多序列比對(duì)尋找其中的保守區(qū)域，非常好用，易學(xué) IRES及其他UTR功能序列的預(yù)測(cè) UTRscan：http://bighost.area.ba./BIG/UTRScan/，http://www.ba.itb./BIG/UTRScan/ 需要先注冊(cè)email 三、表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù) EST聚類表達(dá)數(shù)據(jù)資源 Unigene：http://www.ncbi.nlm./unigene/ 不用說(shuō)了，老牌的EST聚類程序，數(shù)據(jù)庫(kù)質(zhì)量很好，但毛病也不少，不過(guò)我常用它 TIGR：http://www./tdb/tgi/ 按獨(dú)一無(wú)二的剪接體對(duì)EST進(jìn)行聚類，并從中得出獨(dú)一無(wú)二的共有的序列，每個(gè)Cluster的EST都有圖形排列顯示 Allgenes：http://www. 其EST聚類要求比較嚴(yán)格，但每個(gè)Cluster都有一個(gè)質(zhì)量極高的mRNA序列，可輕松定位到基因組上 MIPS：http://mips./proj/human/ MIPS的EST聚類數(shù)據(jù)庫(kù)。其中有個(gè)工具特別好，就是在BLAST服務(wù)中有個(gè)可以得到與BLAST基因相近EST的組織分布的程序 特殊的表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù) 前列腺表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)：http://www. 膀胱癌EST數(shù)據(jù)庫(kù)：http://bladder. Microarray和SAGE表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)及其分析工具 全身正常組織microarray數(shù)據(jù)（U133A, U133B）：http://www.dev. 較全的全身正常組織microarray數(shù)據(jù)庫(kù)，推薦，要搜索表達(dá)數(shù)據(jù)需在search中數(shù)據(jù)探針名稱（U133A, U133B），注意必須安裝Adobe SVG Viewer，得到的數(shù)據(jù)需要用photoshop顛倒過(guò)來(lái)才能觀看。 斯坦福大學(xué)生物芯片數(shù)據(jù)庫(kù)：http://genome-www5./ 最好的生物芯片數(shù)據(jù)庫(kù)，不僅數(shù)據(jù)源豐富，而且數(shù)據(jù)搜索軟件功能齊全，但要學(xué)會(huì)也需要點(diǎn)時(shí)間 CleanEX：http://www.cleanex. 用于分析比較來(lái)源于不同技術(shù)平臺(tái)的表達(dá)數(shù)據(jù) EBI array database：http://www./arrayexpress/ 歐洲生物信息學(xué)會(huì)主辦的基因芯片數(shù)據(jù)庫(kù) RAD：http://www.cbil./RAD/php/ 功能與CleanEX近似，推薦使用 Gene Expression Db：http://discover.nci. 提供60多個(gè)腫瘤細(xì)胞系的基因芯片數(shù)據(jù) NIAID：http://madb.niaid. ONCOMINE：http://141.214.6.50/oncomine/main/ AWR1Uko AND MY EMAIL非常好的腫瘤microarray數(shù)據(jù)庫(kù) GENEHOPPER：http://genehopper./db/ 利用accession num將microarray數(shù)據(jù)與Genebank進(jìn)行連接的軟件 NetAffx：https://www./analysis/netaffx/index.affx Microarray Anotation Database：探針注釋數(shù)據(jù)庫(kù) 四、其它數(shù)據(jù)庫(kù) 免疫學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù) MHCI結(jié)合表型預(yù)測(cè)：http://bimas.dcrt./molbio/hla_bind/ 已經(jīng)試過(guò)，非常好用 兩種常用表位預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)庫(kù) ProPred-I： http://www.imtech./raghava/propred1/ SYFPEITHI：http://www./uni/kxi/ MHCI表型預(yù)測(cè)與蛋白酶體降解分析 SYFPEITHI的MHCI表型預(yù)測(cè)工具：http://syfpeithi./Scripts/MHCServer.dll/EpitopePrediction.htm SEREX數(shù)據(jù)庫(kù)：http://www2./CancerImmunomeDB/ CT抗原數(shù)據(jù)庫(kù)：http://www./CTdatabase/ Immunology相關(guān)工具綜合：http://www. 特殊數(shù)據(jù)庫(kù) McGill：http://ww2./androgendb/ 雄激素受體數(shù)據(jù)庫(kù) 腫瘤數(shù)據(jù)庫(kù) 染色體突變數(shù)據(jù)庫(kù)：http://www./services/chromcancer/ 內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒數(shù)據(jù)庫(kù)：http://www. 包含100多個(gè)內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒家族，每個(gè)家族都給出了共有序列 基因注釋數(shù)據(jù)庫(kù) ensemble：http://www./Homo_sapiens/ 綜合各種基因注釋的平臺(tái) OE：http://vortex.cs./Projects.html 基因功能注釋的重要工具，提供每個(gè)注釋的生物學(xué)意義的評(píng)分 GENMAPP： 將基因芯片數(shù)據(jù)綜合在各種生物通路上，幫助分析表達(dá)數(shù)據(jù)的生物學(xué)意義 GeneCard：http://bioinformatics./cards/ 很全的基因卡片 突變數(shù)據(jù)庫(kù) HGMD突變數(shù)據(jù)庫(kù)：http://archive./uwcm/mg/hgmd/search.html 包含各種疾病和基因的突變數(shù)據(jù) 腫瘤基因數(shù)據(jù)庫(kù)：http://condor.bcm./ermb/tgdb/tgdb.html 搜索起來(lái)不是很方便 比較基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) VISTA：http://www-gsd./vista/ 最重要的比較基因組學(xué)在線軟件，強(qiáng)烈推薦使用 PCR相關(guān)網(wǎng)站 引物數(shù)據(jù)庫(kù)：http://pga.mgh./primerbank/ 含180000條mRNA特異引物，非常好用 方便的實(shí)驗(yàn)室運(yùn)算軟件 MOLBIOL.RU：http:///eng/scripts/ 可以進(jìn)行隨機(jī)核酸序列的產(chǎn)生，PCR條件優(yōu)化運(yùn)算等 密碼子使用頻度數(shù)據(jù)庫(kù)：http://www.kazusa./codon/ |
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來(lái)自： wuhuaguo88l > 《文獻(xiàn)及在線工具類》
