曹樹基的史料根據(jù)，大部分來自華北一帶清朝末年的地方志。根據(jù)他的勾勒，這場(chǎng)大疫，是從崇禎六年（1633）到崇禎十七年（1644）間流行的，發(fā)源地大致在山西的興縣，然后到大同，再到潞安。接著，鼠疫傳到陜西的榆林等地。崇禎十四年（1641）時(shí)，大疫傳到河北大名府、順天府等地，那里的地方志上都有“瘟疫，人死大半?；ハ鄽⑹场钡挠涊d。崇禎十六年（1643），也就是北京城破的前一年，北京也發(fā)生了大疫。

　　為何判定北京的這場(chǎng)大疫是鼠疫？曹樹基查到的地方志記載和明人當(dāng)時(shí)的筆記，人們稱這場(chǎng)大疫為“疙瘩瘟”“疙疽病”，這實(shí)際是對(duì)腺鼠疫患者淋巴結(jié)腫大的稱呼，而當(dāng)時(shí)的傳染性之烈，“死亡枕藉，十室九空，甚至戶丁盡絕，無人收斂者”。有一個(gè)叫吳彥升的官員，剛準(zhǔn)備去溫州赴任，他的一個(gè)仆人死了。他命另一個(gè)仆人去棺材店買棺材，久久不見回來，原來他竟然死在了棺材店里。有一對(duì)新婚夫婦，婚禮之后，夫婦坐于帳中很久沒有出來，打開帳子一看，夫婦兩人死于床的兩頭。只有鼠疫才能有如此烈性的威力。這場(chǎng)鼠疫，發(fā)生在北京城破前一年的二月到九月。

臺(tái)灣的著名明史專家邱仲麟，于2004年在《明代北京的瘟疫與帝國醫(yī)療體系的應(yīng)變》一文中，對(duì)北京的這場(chǎng)大鼠疫有更詳細(xì)的描述。到崇禎十六年（1643）四月時(shí)，北京每天死的人數(shù)已達(dá)上萬，以至于城門都被運(yùn)出的棺材堵塞。沿街的小戶居民，十之五六死去，死在門口的最多，連街頭玩耍的孩子都沒有了。有一個(gè)統(tǒng)計(jì)數(shù)字，這場(chǎng)大疫奪走20萬北京人的生命，而北京城當(dāng)時(shí)的人口，估計(jì)在80萬到100萬，也就是說，每四到五個(gè)北京人中，就死掉了一人。“堪稱是一場(chǎng)超級(jí)大瘟疫”，邱仲麟寫道。當(dāng)時(shí)的北京城里盛傳種種白衣人勾魂的流言，一到晚上，民間整夜敲擊銅鐵器驅(qū)鬼，“聲達(dá)九重”，官方也沒法制止——這是怎樣的一座鬼氣森森的城市！

　　這時(shí)候，政府還能做點(diǎn)什么呢？當(dāng)時(shí)的皇帝似乎已經(jīng)顧不上這事兒了。雖然在崇禎十六年（1643）二月疫情就爆發(fā)了，但直到七月，駙馬鞏永革上書說，請(qǐng)皇帝“軫念孑遺，亟賜拯救”，這時(shí)朱由檢才下了一道諭旨，撥銀萬兩，令五城巡城御史收埋死尸，再撥一千兩銀子給太醫(yī)院，醫(yī)治病民。然而病人、死人太多，這點(diǎn)銀子杯水車薪，根本不夠用。

　　其實(shí)，即使貴為宮廷官宦，也不能幸免鼠疫的肆虐。當(dāng)時(shí)有位叫張真人的法師來到北京，剛出宮不久就被皇帝叫了回去，命他施咒、誦經(jīng)來祛除病魔，但死亡的人數(shù)仍不見少。開始宮中每死一人，還能得到四千文錢的撫恤，后來，連這個(gè)錢也沒了。

　　可以想象，這時(shí)駐在北京的明朝軍隊(duì)怎能幸免于瘟疫。邱仲麟寫道，當(dāng)時(shí)在北京的守軍，名義上有十來萬，大疫過后，少了一半。他引用一位明朝遺民張怡的說法，當(dāng)李自成的隊(duì)伍殺過來時(shí)，能上城墻上防守的軍人，連一萬人都湊不齊。不過，明朝的軍隊(duì)向來腐敗，駐京城部隊(duì)吃空額的現(xiàn)象由來已久。也就是說，原來到了軍隊(duì)發(fā)餉的時(shí)候，還可以叫許多百姓來頂替領(lǐng)餉，比如，叫來許多小商販或衙門班役來充場(chǎng)面，但現(xiàn)在百姓死的太多，連頂替點(diǎn)名的人手也湊不齊了！

　　不但是士兵、小販、雇工大批倒斃，北京城連叫花子都找不到了。當(dāng)時(shí)的守城將官低聲下氣地求人來守城，“逾五六日尚未集”，朱由檢下令讓太監(jiān)三四千人上了城墻。到李自成兵臨城下時(shí)，北京內(nèi)城上五個(gè)城垛才有一個(gè)士兵，而且都是老弱病殘，“鳩形鵠面，充數(shù)而已”。到三月十七日，李自成已經(jīng)到了西直門時(shí)，京城還沒什么像樣的防御，而士兵們每天只有百余文錢去買粥充饑，這怎能抵擋李自成的精銳之師？

　　有史料說，當(dāng)時(shí)的明朝軍隊(duì)打仗，士兵躺在地上不肯動(dòng)，軍官“鞭一人則一人起”，可是這個(gè)起了那個(gè)又趴下，說他們是軍心渙散也罷，全無斗志也罷，或許，這都是一群半死的病人。

　　邱仲麟在這里也同意曹樹基的看法：崇禎十六年（1643）的大鼠疫，間接造成了北京的淪陷與明朝的滅亡。 

　　但是，這里仍有疑問。第一個(gè)問題就是，李自成的隊(duì)伍攻進(jìn)一個(gè)大疫之城，他們自己難道不會(huì)被傳染？第二個(gè)問題就是，李自成僅僅在北京待了42天，接著是另一撥改朝換代，清朝人進(jìn)來在北京建都，他們不會(huì)感染上大疫？

　　曹樹基對(duì)此的解釋是，李自成進(jìn)城的時(shí)刻恰逢其時(shí)。這個(gè)時(shí)候，北京的腺鼠疫已經(jīng)基本平息，而肺鼠疫，因?yàn)樘鞖廪D(zhuǎn)暖，還尚未流行開來。

　　這里要解釋一下腺鼠疫與肺鼠疫的區(qū)別。一般人們都知道，鼠疫是一種由老鼠傳染的烈性傳染病。具體來說，是由老鼠身上所帶的跳蚤，將鼠疫桿菌傳染給了人，這是腺鼠疫。腺鼠疫的顯著特征，就是淋巴結(jié)腫大潰爛。而肺鼠疫，常常是由腺鼠疫轉(zhuǎn)化而來，表現(xiàn)為劇烈胸痛、咳嗽、吐血。肺鼠疫的厲害，在于它是人與人之間的傳染，已經(jīng)不需要老鼠作為中介，類似SARS。但是，肺鼠疫的流行一般都是在冬天，需要在氣溫低的條件下。

　　“每一種疾病，都有每一種疾病的機(jī)理。腺鼠疫的流行，到了老鼠和人都死到一定程度時(shí)，它就會(huì)平息下來。這個(gè)時(shí)候李自成來了。如果李自成早幾個(gè)月進(jìn)來，他們也會(huì)被鼠疫消滅掉。不過，最終清軍還會(huì)進(jìn)來，這個(gè)大趨勢(shì)不會(huì)變。歷史的演變真是非常有意思?！辈軜浠f。

　　在1644年的春天，李自成進(jìn)北京又退出北京的前后，從曹樹基研究的史料上看，在天津及南方，還在繼續(xù)流行鼠疫。疫區(qū)一直延伸到了蘇州、杭州。從癥狀的描述來看，既有腺鼠疫，又有肺鼠疫。

　　今天，人們可以在網(wǎng)上看到關(guān)于鼠疫與明末清初歷史變局的各種假說。有人說，李自成的部隊(duì)后來與吳三桂及清軍的決戰(zhàn)之所以大敗，就是因?yàn)榱x軍士兵在北京已經(jīng)感染了鼠疫，喪失了戰(zhàn)斗力。到后來，李自成屢戰(zhàn)屢敗，一潰千里，就是這個(gè)原因。而清軍占領(lǐng)北京后又遲遲不南下，聽?wèi){南明建立流亡政府相抵抗，也是這個(gè)原因。

　　對(duì)此，曹樹基并不認(rèn)同?！袄钭猿蛇M(jìn)北京后，鼠疫對(duì)戰(zhàn)爭(zhēng)應(yīng)該是沒有直接的影響了，后來發(fā)生的那些都屬于政治史了。至少從史料上來說，沒有李自成及其部將士兵染病的記載。”

　　“這一點(diǎn)確實(shí)比較詭異。從歷史記載上來看，李自成的部隊(duì)經(jīng)過的地方，都變成了疫區(qū)，發(fā)生了大疫，但是確實(shí)沒有李自成部隊(duì)本身受感染的記錄?！?/div>