創(chuàng)建于19、20世紀(jì)之交的圣約翰大學(xué)醫(yī)學(xué)院、震旦大學(xué)醫(yī)學(xué)院和同德醫(yī)學(xué)院三座醫(yī)學(xué)殿堂，于1952年合并成立了上海第二醫(yī)學(xué)院，1985年改名為“上海第二醫(yī)科大學(xué)”。2005年7月，兩所有著百余年辦學(xué)歷史的大學(xué)——上海交通大學(xué)和上海第二醫(yī)科大學(xué)合并，成立了新上海交通大學(xué)和上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院。2010年11月，學(xué)院成為原衛(wèi)生部與教育部合作共建的第一批十個(gè)重點(diǎn)高校中的一員。

醫(yī)學(xué)院堅(jiān)決貫徹“人才強(qiáng)院”的主戰(zhàn)略，擁有一批國內(nèi)著名的醫(yī)學(xué)專家和學(xué)者，有中國科學(xué)院院士2人、中國工程院院士13人，國家“973”項(xiàng)目首席科學(xué)家18人等一批在國內(nèi)外有一定影響的學(xué)者。我院王振義院士榮獲2010年度國家最高科技獎(jiǎng)。

醫(yī)學(xué)院現(xiàn)擁有重慶南路、閔行兩個(gè)校區(qū)，包含23個(gè)學(xué)院（系），13所附屬醫(yī)院，其中8所綜合性附屬醫(yī)院、5所專科性附屬醫(yī)院。擁有74個(gè)國家重點(diǎn)臨床?？?，數(shù)量占上海市國家級臨床重點(diǎn)?？瓶倲?shù)的54%。有8個(gè)一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)、4個(gè)一級學(xué)科博士后流動(dòng)站。目前設(shè)有7個(gè)本科專業(yè)，其中，臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)、護(hù)理學(xué)為國家特色專業(yè)；臨床醫(yī)學(xué)八年制（“法文班”與“4+4碩博班”）、臨床醫(yī)學(xué)五年制（“兒科學(xué)方向”與“英語班”）是學(xué)院的特色班級。2015年，以培養(yǎng)生命科學(xué)領(lǐng)域卓越領(lǐng)軍人才為目標(biāo)，新增生物醫(yī)學(xué)科學(xué)專業(yè)。目前在校學(xué)生7653名，其中本科及長學(xué)制學(xué)生2746名。2010年起，醫(yī)學(xué)院率先探索和實(shí)踐臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)“5+3”及“5+3+X”改革，深度參與上海市住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)工作。

2012年入選教育部第一批卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計(jì)劃項(xiàng)目試點(diǎn)高校，并擔(dān)任上海市卓越醫(yī)學(xué)教育計(jì)劃專家組組長單位。在ESI全球醫(yī)學(xué)學(xué)科排名中，全球研究機(jī)構(gòu)前1%的學(xué)科醫(yī)學(xué)院有7個(gè)，其中4個(gè)學(xué)科處在前1‰，臨床醫(yī)學(xué)學(xué)科進(jìn)入全球研究機(jī)構(gòu)前0.2‰。在2013年1月29日教育部學(xué)位與研究生教育發(fā)展中心公布的學(xué)科評估結(jié)果，我院臨床醫(yī)學(xué)全國排名第一、口腔醫(yī)學(xué)排名第二、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)排名第三、護(hù)理學(xué)排名第五、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)排名第十，標(biāo)志著我院學(xué)科綜合實(shí)力穩(wěn)居全國前列。

撫今追昔、知史鑒往，繼往開來、任重道遠(yuǎn)。全體上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院人將化夢想為行動(dòng)，執(zhí)著醫(yī)學(xué)信念、探索科學(xué)真理，凝心聚力、抓住機(jī)遇，勇立潮頭、敢為人先，為努力創(chuàng)建世界一流的醫(yī)學(xué)院，為祖國醫(yī)療衛(wèi)生事業(yè)的進(jìn)步不懈努力。