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轉(zhuǎn)錄組文章思路和常用軟件介紹

 桃色饕餮 2016-08-04










  • 測(cè)序總量,質(zhì)量,預(yù)測(cè)基因總數(shù),N50,注釋基因總數(shù)等。描述性語言加表格。




  • 總的GO分類、KEGG和KOG分類。描述性語言,不用放圖,最多放一個(gè)。







  • 樣本之間的相關(guān)性和FPKM分布,描述性語言。



  • 火山圖可以放圖加描述表明樣本間差異以及上下調(diào)基因數(shù)量。



  • 維恩圖可以放圖加描述表明兩兩樣本間差異的共同部分和特有部分。




  • 差異基因聚類的圖可以放文章中,可以描述樣本間關(guān)系。



  • 趨勢(shì)圖可以用來查找在樣本間存在特定趨勢(shì)的一類基因。



  • 差異基因的GO富集分析,一般會(huì)放入文章中,需要GO分類圖,如果富集不到,可以做總體差異基因的GO分類。


  • 差異基因的KEGG富集分析,一般會(huì)放入文章中,需要KEGG富集分類圖和具體的KEGG通路圖。本轉(zhuǎn)錄組富集到了4個(gè)通路,涉及植物-菌互作,植物激素信號(hào)(茉莉酸信號(hào)),氮源代謝,多巴胺合成。


  • 具體的差異基因需要有針對(duì)性的單獨(dú)查找,分析。




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