雖然這兩個機關都是從事特務和情報機關，但是還是有區(qū)別的：

中統(tǒng)全稱“國民黨中央執(zhí)行委員會調查統(tǒng)計局”其主要的工作范圍集中在黨內進行防共和監(jiān)視其內部人員，屬中央組織部掌控；其主要工作比較傾向于收集情報。

軍統(tǒng)全稱“國民政府軍事委員會調查統(tǒng)計局”其工作主要面對黨外的各個領域，軍隊編制，主要從事專門以監(jiān)視、綁架、逮捕和暗殺等手段。

軍統(tǒng)是"國民政府軍事委員會調查統(tǒng)計局"的簡稱，國民黨統(tǒng)治集團為維護其統(tǒng)治而設立的特務組織。1938年8月成立。
軍統(tǒng)前身是"軍事委員會密查組"(1927年)、復興社特務處(1932年4月)、軍事委員會調查統(tǒng)計局第二處(1937年)。主要負責人為戴笠。
軍統(tǒng)局內勤組織共有八處、六室、一所;外勤組織在各在城市設"區(qū)"，在各省設"站"，在一些重要城市"特別班"。其基本組織為"組"及直屬情報人員。
1946年戴笠乘坐飛機失事死后，軍統(tǒng)局進行改組，其公開特務武裝部分與軍委會軍令部二廳合并為國防部第二廳，由鄭介民任廳長;秘密核心部分組成國防部保密局，毛人鳳為局長。1949年，軍統(tǒng)主要機構撤至臺灣。
中統(tǒng)是國民黨CC系陳果夫、陳立夫控制的全國性特務組織。即中國國民中央執(zhí)行委員會調查統(tǒng)計局的簡稱，它正式成立于1938年8月，其前身是1928年國民黨中央組織部調查科。

軍統(tǒng)：戴笠、毛人鳳