公元前1世紀，古羅馬軍隊征服了希臘。古羅馬人長期的四方征戰(zhàn)促進了東西方文化交流的廣泛進行，但是科學(xué)的發(fā)展卻開始衰落。歐洲的科學(xué)發(fā)展開始從古希臘的巔峰下落。公元5世紀中葉到15世紀初這一時期，史稱中世紀，它是歐洲的“黑暗時期”，也是歐洲文明的衰退時期。公元5世紀后半期，在內(nèi)部奴隸起義和外部日爾曼部落的入侵下，羅馬帝國滅亡了。西歐開始逐步向封建化的社會過渡。在過渡過程中，基督教得到了廣泛的傳播，其地位日益得到提高和鞏固。隨著基督教的擴張進程，一切異教的文化都被消滅了。整個西歐社會都處在嚴酷的思想和愚昧的政策統(tǒng)治下。在當(dāng)時，除了教會的《教義問答》外，不允許任何異端思想的存在。圣經(jīng)的詞句開始具有了法律效力。封建領(lǐng)主土地所有制和自然經(jīng)濟相適應(yīng)，結(jié)果造成了政治上的分裂和思想上的閉關(guān)自守，商品流通和文化交流都受到了嚴重的阻礙。曾經(jīng)輝煌一時的古希臘知識，像德謨克利特、伊壁克魯和阿基米德的學(xué)說都被丟棄了。哲學(xué)和科學(xué)淪為了神學(xué)的婢女。

到了11世紀，隨著工藝和商業(yè)的擴大，歐洲開始出現(xiàn)了學(xué)術(shù)復(fù)興的萌芽。這種萌芽是伴隨著營造教堂和建立大學(xué)而開始的。11世紀末，為了掠奪東方的財富，西歐教俗兩界的統(tǒng)治者發(fā)動了一場前后8次，歷時近200年的侵略戰(zhàn)爭，即“十字軍東征”。這場戰(zhàn)爭給西歐的底層人民帶來了深重的災(zāi)難。但也促進了東西方文明的交流。許多用阿拉伯文保存下來的古希臘羅馬著作以及東方的技術(shù)成就例如中國的四大發(fā)明等，都開始傳入西歐，有利地促進了歐洲科學(xué)技術(shù)的提高。

在歐洲漫長的中世紀里，宗教與經(jīng)院哲學(xué)統(tǒng)治著人們的思想，人類的探索精神被扼殺了：

　　391年，羅馬皇帝下令禁止一切異教，禁止學(xué)習(xí)數(shù)學(xué)、天文學(xué)。

　　415年，女?dāng)?shù)學(xué)家、天文學(xué)家海帕西婭被燒死。教會還宣布數(shù)學(xué)是“魔鬼的藝術(shù)”，下令把數(shù)學(xué)家當(dāng)作異教徒驅(qū)逐出境。

　　1220年，教皇洪諾留三世下令設(shè)立宗教裁判所。

　　1327年，阿斯科里認為地球是球形的，就被用火燒死。

　　1611年，一個主教說虹是水滴反光的結(jié)果，被開除教藉，死于獄中后，尸體還被砍碎。有人甚至因為說事物會變化，過去人們的生活同現(xiàn)在不同，也被割了舌頭以后燒死。

　　15世紀西班牙宗教裁判官托爾奎馬達一個人就判了一萬多人火刑。在他幾十年的一生中，平均每天都要燒死一個“異教徒”。

　　受過迫害的大科學(xué)家也是數(shù)不盡數(shù)：羅吉爾·培根、布魯諾、達·芬奇、伽利略、開普勒，哥白尼因為擔(dān)心教會的迫害，把《天體運行論》擱置了三十多年直到臨終前才出版。

但是，事物總是不是那么絕對的，基督教有時有促進了科學(xué)的發(fā)展?，F(xiàn)代科學(xué)的奠基者大部分是基督徒，有很大一部分甚至本身就是神職人員，如下文將提到的羅吉爾·培根、布魯諾、哥白尼。而歷史悠久的世界著名大學(xué)的前身都是天主教修道院或者新教神學(xué)院，這些學(xué)校培養(yǎng)了絕大部分的科學(xué)先驅(qū)。

古希臘文化在歐洲的重新傳播，引起了教會的恐慌。教會在開始時對其中傳播最為廣泛的亞里士多德的學(xué)說進行禁止。但很快又改變了策略，他們開始抓住希臘人特別是亞里士多德學(xué)說中的消極因素加以歪曲和利用。其實，還在羅馬帝國后期，就曾經(jīng)出現(xiàn)過所謂的“教父哲學(xué)”，一種企圖用哲學(xué)來論證基督教教義的“學(xué)問”。到了公元8至10世紀，教父哲學(xué)又發(fā)展成為經(jīng)院哲學(xué)，它是以理論形式裝扮起來的為統(tǒng)治階級服務(wù)的官方哲學(xué)。經(jīng)院哲學(xué)所進行的一切論證都以圣經(jīng)的詞句作為出發(fā)點和終極真理，根本無視經(jīng)驗和實踐的存在，并對科學(xué)研究采取敵對的態(tài)度。教會對經(jīng)院哲學(xué)進行了充分的加工和利用，意大利人托馬斯·阿奎那（Thomas Aquinas，1225—1274）是這一工作的主要完成者。托馬斯·阿奎那把自然知識和神學(xué)結(jié)合起來，制定了教會的信條。

托馬斯·阿奎那

托馬斯孩提時代曾在蒙特卡西諾修道院受了9年初等教育。身為伯爵的父親一直希望他能成為修道院院長。14歲時，他進入那不勒斯大學(xué)，接觸到大量的科學(xué)與哲學(xué)著作。5年以后，加入了天主教組織“多明我教團”，這成為他一生的重要轉(zhuǎn)折。

1245年，托馬斯前往巴黎，受教于亞里士多德主義者阿爾伯特。自1257年開始在巴黎大學(xué)教授神學(xué)，用10年時間專心從事教學(xué)和著作活動，并被羅馬教廷任命為神學(xué)顧問與講師。在他去世3年后，巴黎各神學(xué)大師譴責(zé)了219條命題，其中有12條是托馬斯的觀點。這是中世紀最嚴厲的譴責(zé)。托馬斯在巴黎大學(xué)執(zhí)教時，亞里士多德的學(xué)說已大量涌入，在教徒中引起的反響極為強烈。教會深感其著作的危險性，幾次試圖封鎖這種與天主教正統(tǒng)信仰不相容的自然主義和理性主義哲學(xué)，禁止轉(zhuǎn)錄、閱讀和保存?？赏旭R斯并不害怕這種學(xué)說，他和老師阿爾伯特一起潛心研究亞里士多德的著作，他閹割了亞里士多德哲學(xué)中的唯物主義和辯證法，而將其中的唯心主義和形而上學(xué)體系加以全面系統(tǒng)地發(fā)揮，并將其納入基督教的神學(xué)體系，使它成為天主教官方哲學(xué)的基礎(chǔ)。

他成功地將基督教的神學(xué)思想和亞里士多德的哲學(xué)融合在一起，建立起了龐大的經(jīng)院哲學(xué)體系。為了理想，他也是蠻拼的，他一生著有18部巨著，其中包括集基督教思想之大成的《神學(xué)大全》和《哲學(xué)大全》、《論存在和本質(zhì)》、《論正統(tǒng)信仰和真理、異教徒議論大全》等。

托馬斯的全部理論都是為天主教信條服務(wù)的。他明確提出哲學(xué)必須為神學(xué)服務(wù)，之后，又為上帝存在這一神學(xué)最高信條作了哲學(xué)的論證。認為應(yīng)通過上帝的創(chuàng)造物來認識上帝的存在，利用亞里士多德哲學(xué)中的目的論的唯心主義思想推論出萬物創(chuàng)造者的上帝的存在。

托馬斯歪曲和利用亞里士多德關(guān)于形式和質(zhì)料的學(xué)說，主張世界是上帝從虛無中創(chuàng)造出來的，斷言世界的創(chuàng)造是有時間開端的；同時，上帝創(chuàng)造了一個等級制的宇宙系；最低層是大地及由水土火氣四種元素構(gòu)成的一切物質(zhì)，之上是植物、動物和人，再上是天體，再之上就是整個世界所追求的最高目的──三位一體的上帝；還探討了個別和一般的關(guān)系，認為存在于個別事物中的一般，并不是個別事物本身所固有的，而是寄居或隱藏在個別事物中的某種特殊實體。物體之間的不同特性，是由于潛入物體的這種隱秘的質(zhì)所決定的。銅之所以為銅，是因為它里面潛藏著“銅”這種特殊實體，銅之所以能壓延，是因為它里面潛藏著“壓延性”這種隱秘的質(zhì)。所以，有多少種物體的特性，就有多少種“隱秘的質(zhì)”，那就不必深入研究事物內(nèi)部結(jié)構(gòu)和相互關(guān)系了。顯然，這種學(xué)說嚴重妨礙科學(xué)的發(fā)展。

托馬斯還力主教會的權(quán)力至高無上。認為如同神高于人，靈魂高于肉體一樣，教會高于世俗的國家。教皇是基督的代理人，政權(quán)應(yīng)由他掌握，國家必須服從教會，國王必須順從教皇。他還極力維護封建君主的統(tǒng)治權(quán)力，認為君主制是最好的政治形式，并說，沒有一個統(tǒng)治者控制和指導(dǎo)民眾，社會就會解體。

托馬斯從靈魂不死的觀點出發(fā)，大力宣揚“來世幸福”，認為塵世生活的幸福并非最高幸福，最高幸福是對上帝的靜觀，從而使靈魂得救。這只有在來世、在彼岸世界才能做到，因而為爭取現(xiàn)實生活的幸福而進行斗爭就是惡就是犯罪，最大的犯罪行為是異端或異教行為。對一切異教徒均應(yīng)活活燒死，“將他們從世界上消滅掉”。托馬斯包羅萬象的神學(xué)唯心主義體系產(chǎn)生后，很快成為西歐中世紀思想領(lǐng)域中占絕對統(tǒng)治地位的學(xué)說。教會在他生前就給予了他極大的支持和極高的聲譽，稱他為最光榮的“天使博士”。1323年教皇追封他為“圣徒”，1567年他又被命名為“教義師”，1879年教皇還正式宣布他的學(xué)說是“天主教會至今唯一真實的哲學(xué)”。

13世紀（1230年），基督教會成立了宗教裁判所，對各種新思想的傳播都以“異端”的罪名進行殘酷鎮(zhèn)壓。歐洲的文明黑暗仍在繼續(xù)。