VMD的console是十分強(qiáng)大的，也提供了很多內(nèi)置命令，這里把當(dāng)年研究VMD內(nèi)置命令的筆記的一小部分發(fā)上來(lái)。和user guide有相似之處，但是我都盡量寫成例子的形式來(lái)說(shuō)明，絕大部分都是親自試過(guò)的?？赡墚?dāng)時(shí)有些地方寫的不準(zhǔn)確，也不完整，但是現(xiàn)在也懶得check了。有疑問(wèn)還是對(duì)照user guide中的嚴(yán)格說(shuō)法。

*****一些額外內(nèi)容*****

VMD里面所有行為，都可以用命令描述出來(lái)。打開(kāi)VMD之后運(yùn)行l(wèi)og sdf.txt，接下來(lái)干你的事，你干的所有事的等價(jià)的命令行都被記錄到sdf.txt當(dāng)中，運(yùn)行l(wèi)og off停止記錄。

atomselect之后占用內(nèi)存，選擇范圍的原子越多占得越大，應(yīng)當(dāng)用完之后刪除，比如atomselect1 delete，內(nèi)存就釋放了。但是atomselect編號(hào)仍然繼續(xù)往后延，并不會(huì)重新占用已經(jīng)刪了的。

修改TKconsole的設(shè)置，通過(guò)修改D:\study\VMD186\plugins\noarch\tcl\vmdtkcon1.0\tkcon-modified.tcl。比如里面的font create tkconfixed -family Courier -size 12，把12改成20，字號(hào)就變成20了。

在.vmdrc或者vmd.rc里面有很多被注釋掉的內(nèi)容，也有沒(méi)有被注釋的，都是控制啟動(dòng)后vmd的默認(rèn)設(shè)置，比如開(kāi)哪些窗口，窗口位置，光源什么的

*****以下為正文*****

animate dup 0 復(fù)制當(dāng)前幀到最后新的一幀
animate dup frame 2 0 復(fù)制22幀到新的幀
animate pause 暫停播放，按回車或者隨便瞎輸個(gè)命令就可繼續(xù)
animate forward/for向下播放
animate reverse/rev向前播放
animate prev/next 向前/向后一幀
animate skip 設(shè)置播放時(shí)的step
animate delete all 刪除所有幀
animate speed 0.3 設(shè)置速度為0.3，數(shù)值>=0，<=1
animate style once/loop/rock 設(shè)置播放模式
animate styles 顯示可用的播放模式，其實(shí)就是顯示once、loop、rock
animate goto start/end/n  回到開(kāi)始幀、末尾幀、第n幀

atomselect keywords顯示所有可以選擇的關(guān)鍵字
macro指的就是那些charged、acidic之類的整體。
atomselect macro 顯示所有macro
atomselect macro charged 顯示charged的定義
atomselect delmacro ions    刪除ions的macro
atomselect macro sdfsdf {resname ALA and hydrogen}  定義一個(gè)新的macro，如果已經(jīng)有定義了，則覆蓋
設(shè)好的macro在graphics representations-selection-singlewords里面也會(huì)出現(xiàn)

atomselect 3 "resid 25" frame last 選擇3號(hào)分子最后一幀的resid 25。分子可以是數(shù)字或者top，所選內(nèi)容就是普通的selection，用雙引號(hào)或者{}括住，幀號(hào)可以是數(shù)字、first、last、now。

選擇之后，會(huì)出現(xiàn)比如atomselect0，然后可以運(yùn)行：
atomselect0 num   顯示所選的內(nèi)容有多少原子
atomselect0 list  顯示所選的內(nèi)容的原子的編號(hào)
atomselect0 text  顯示所選內(nèi)容表示的意義
atomselect0 molid  顯示所選內(nèi)容的分子編號(hào)
atomselect0 frame  顯示所選內(nèi)容的所在幀。atomselect0 frame x設(shè)置選擇的幀為x
atomselect0 delete   刪除atomselect0函數(shù)。
atomselect0 global   將atomselect0移入全局命名空間
atomselect0 get mass 得到atomselect0所選范圍的質(zhì)量，還可以是{x y z}得坐標(biāo)，{x}僅x坐標(biāo)。get后面可以接任何屬性，見(jiàn)manual p77
atomselect0 get structure 可以得到結(jié)構(gòu)中每個(gè)殘基所處的二級(jí)結(jié)構(gòu)
實(shí)際上不管是在圖形界面選擇newcartoon還是文本控制臺(tái)輸入get structure，都要調(diào)用stride來(lái)計(jì)算
atomselect0 getbonds 得到成鍵列表
atomselect0 setbonds <bondlists> 按照成鍵列表成鍵，比如{{2 5} {4 6}}
atomselect0 move  4x4 matrix   根據(jù)矩陣移動(dòng)
atomselect0 moveby {1 1 6}   把所選原子向1，1，6向量方向和距離上移動(dòng)
atomselect0 lmoveby offset_list:  move each atom by an offset given in the list.
atomselect0 moveto { 3 6 5}   把所選內(nèi)容移動(dòng)到3，6，5位置
atomselect0 moveto position_list:  move each atom to a point given by the appropriate list element
atomselect0 writepdb a.pdb   把目前所選原子寫到當(dāng)前文件夾（vmd所在文件夾）的a.pdb中

set kk [atomselect 0 {resname ALA}]   定義$kk變量，用echo $kk可以查看其代表的內(nèi)容，比如得到atomselect0
set mass [$sel get mass]        set mass [$sel get mass]
set kkk 4
incr kkk     把kkk加1
$sel set beta 0        # all values are set to zero
$sel set beta $mass    # copy mass to beta

axes locations 顯示所有坐標(biāo)軸可能顯示的位置
axes location 得到當(dāng)前坐標(biāo)軸的位置
axes location < of | origin | lowerleft | lowerright | upperleft | upperright >  設(shè)置坐標(biāo)軸情況

color scale method RGB設(shè)置調(diào)節(jié)顏色方法為RGB，也可以是BGR、RWB之類
colorinfo scale methods得到所有顏色調(diào)節(jié)方法列表
colorinfo scale method得到現(xiàn)在用的顏色調(diào)節(jié)方法
colorinfo scale midpoint或min或max 得到這三種情況對(duì)應(yīng)的數(shù)值，比如0.5，0.1，1.0
colorinfo categories  顯示所有顏色分類，比如Type之類
colorinfo category Resname  顯示某個(gè)顏色分類，比如Resname分類下包含的預(yù)置的對(duì)不同殘基的顏色
colorinfo colors    顯示有多少種預(yù)置顏色，比如red
colorinfo index或rgb purple  顯示purple顏色的序號(hào)或者rgb值（默認(rèn)以1為最大）

display update off 禁止屏幕刷新，display屏幕就卡住了
display resetview        重置
display distance x  設(shè)置東西與屏幕的距離，越大則分子離屏幕越近，相當(dāng)于放大。不可太小比如幾十，否則有凸鏡的效果
display get        eyesep | focallength | height | distance | antialias | depthcue | culling |
rendermode | size | stereo | projection | nearclip | farclip      得到相應(yīng)的信息

mol new在分子列表中創(chuàng)建一個(gè)空分子

draw xxxx命令大多數(shù)情況下與graphics [molid] xxxx是等價(jià)的，draw只能在top層上繪圖，而graphics可以自己指定，相對(duì)于draw是更底層的繪圖命令。graphics不能自定義繪圖命令比如vmd_draw_unitcell這樣的。如果當(dāng)前一層都沒(méi)有，draw可以自動(dòng)生成一層，graphics不行。以下的都可以用draw來(lái)代替。

graphics 3 {0 2 0} 在3號(hào)分子，0,2,0位置上畫個(gè)點(diǎn)
graphics 3 {0 0 0} {3 4 5}   在0,0,0與3,4,5之間連線。幾個(gè)坐標(biāo)之間大括號(hào)必須有空格隔開(kāi)
graphics 5 cylinder {0 1 0} {3 14 0} radius 1 filled yes resolution 20  在5號(hào)分子這兩個(gè)點(diǎn)之間畫一個(gè)柱形，半徑是1，里面都充滿，否則從截面就一個(gè)殼。resolution越大，越圓滑。
graphics 5 triangle {0 0 0} {5 5 5} {0 4 0} 指定三個(gè)點(diǎn)畫一個(gè)三角
draw sphere { 0 0 0 } radius 3 resolution 15     畫一個(gè)球
draw text { 0 0 0 } "haha" size 3     在某個(gè)點(diǎn)寫字，無(wú)論怎么縮放，字的大小都不變
draw color 4        graphics 4 color red3    設(shè)定顏色，不會(huì)對(duì)已經(jīng)畫好的物件生效，只管以后的。對(duì)幾何和文字顏色都管用。
draw material Glossy   設(shè)定繪制的物件的材質(zhì)。即便是已經(jīng)畫好的，也立刻變成現(xiàn)在設(shè)定的。
draw delete all   刪除所有畫的物件
draw delete 0   每畫完一個(gè)物件，都會(huì)立刻顯示此物件的id，這里刪的是id=0的物件
draw list    列出現(xiàn)在所有物件的id
draw exists 4  檢查id=4的物件是否存在，存在返回1，否為0
draw info 2   顯示創(chuàng)造2號(hào)物件時(shí)用的指令
draw replace 3  接下來(lái)創(chuàng)造的物件的id=3，代替之前3號(hào)id的物件。即便是更改顏色、材質(zhì)的操作，也算一個(gè)id。

下面示例中l(wèi)abel中只要是寫B(tài)onds的，都可以是Atoms|Bonds|Angles|Dihedrals之一
和分子ID不一樣，并非固定，比如Bonds 3，如果在label里面把之前的Bond的label都刪了，就成了Bonds 0了
label list 顯示所有的label分類
label list Bonds 顯示所有鍵的label
label add Bonds 0/347 0/4440   設(shè)定index 347和index 4440的鍵的label
label show/hide Bonds all      顯示/隱藏所有鍵的label，all也可以是label號(hào)來(lái)具體控制
label delete Atoms all     刪除所有原子的label，all也可以是label號(hào)來(lái)具體控制
用鼠標(biāo)點(diǎn)，新生成的label號(hào)從0開(kāi)始，1、2、3、4...，從Graphics-label里面能看到順序
label graph Bonds 0  [文件名]  顯示0號(hào)Bond lable的長(zhǎng)度，輸出所有幀中的長(zhǎng)度。如果寫了文件名，則輸出到文件中而不顯示
label textsize 2.2   把label文字設(shè)成2.2，所有文字立刻生效。默認(rèn)是1.0

light num  顯示目前有多少個(gè)光源    注意光源編號(hào)是從0開(kāi)始的，0-3
light 2 on/off     把2號(hào)光源開(kāi)或者關(guān)
light 0 status     顯示0號(hào)光源的狀態(tài)
light 1 rot x 40   把0號(hào)光源根據(jù)x軸轉(zhuǎn)40度
light 0 pos        顯示0號(hào)光源目前坐標(biāo)
light 1 default    顯示1號(hào)光源默認(rèn)坐標(biāo)
light 1 pos { 2 3 1.1 } 將1號(hào)光源移到2,3,1.1位置

logfile sdf.txt    把log信息寫入sdf.txt。注意只有使改變了狀態(tài)的指令才會(huì)被寫入，比如light 0 pos {1.1 1 1}，而draw color red或者查詢狀態(tài)的命令都不會(huì)被寫入。
logfile off        停止寫入
logfile console    把本來(lái)要寫入文件的信息直接在console里顯示出來(lái)

material list  顯示所有材質(zhì)，比如Opaque之類的
material settings Steel    顯示Steel代表的具體的材質(zhì)控制參數(shù)，5個(gè)小數(shù)。代表ambient, specular, diffuse, shininess, opacity
material add ttt           新加一個(gè)叫ttt的材質(zhì)，默認(rèn)等價(jià)于Opaque
material copy ttt          拷貝ttt成為一個(gè)新的材質(zhì)，名字自動(dòng)生成顯示出來(lái)
material rename ttt xxx    把ttt改名為ttt
material delete ttt        刪除ttt材質(zhì)
material change diffuse xx 0;99   把xx材質(zhì)的diffuse屬性設(shè)為0.99

measure avpos atomselect3 first 1 last 300 step 1 得到atomselect3選擇的原子的從1至300幀之間的每個(gè)原子的平均位置
measure center atomselect3 weight mass   得到atomselect3的中心，用mass屬性來(lái)作為權(quán)重參考。weight后面可以接各種屬性，在手冊(cè)77頁(yè)table 5.5里面。比如還可以x、radius之類
measure contacts 5 atomselect3 atomselect4 得到在atomselect4中的任意原子的5埃范圍內(nèi)的atomselect3中的未與之成鍵的原子。如果只寫一個(gè)atomselect3，則atomselect4等于atomselect3。
measure fit atomselect5 atomselect6 得到作用在atomselect5上，能使之與atomselect6的RMSD最小的4x4變換矩陣，可以套進(jìn)atomselect0 move用
measure gofr  計(jì)算rdf等內(nèi)容。見(jiàn)p103
measure sumweights atomselect7 weight mass  把a(bǔ)tomselect7的所有原子的質(zhì)量加起來(lái)。如果atomselect top protein，那么得到的就是蛋白質(zhì)總質(zhì)量，若charge，得到的就是總電荷。
measure hbonds 3.5 30 atomselect0 atomselect1  顯示所有氫鍵，角度<30，距離<3.5A。!!!!!!如果兩個(gè)atomselect都有，則認(rèn)為0是donor，1是acceptor!!!!!!。得到的結(jié)果第一個(gè)列表是donor的index，第二個(gè)列表是acceptor的index，第三個(gè)是氫的index。兩個(gè)atomselect都必須在一個(gè)ID內(nèi)。donor可以是氫，也可以是氫連著的原子。
measure inverse {{1 2 3 4} { 2 5 6 8} { 8 3 5 6} { 1 4 6 2}}得到4*4矩陣的逆矩陣
measure rgyr atomselect0 weight mass      得到atomselect0的radius of gyration
measure minmax atomselect0        顯示atomselect0里面x、y、z坐標(biāo)最小和最大的原子坐標(biāo)
measure rmsf atomselect0 first 50 last 100 step 2 得到atomselect0的每個(gè)原子從50幀到100幀的rmsf，兩幀取樣一次?？梢允÷詓election后面的，默認(rèn)為從頭到尾，step=1。
measure rmsd atomselect0 atomselect1 weight mass  得到兩個(gè)selection之間的rmsd并考慮質(zhì)量權(quán)重，所選的這兩個(gè)部分必須原子數(shù)相同。比如可以選不同的幀的同一個(gè)部分。
measure sasa 1.4 atomselect1  以1.4埃為探測(cè)球的半徑，得atomselect1的SASA。還可以加[-points varname] [-restrict restrictedsel] [-samples numsamples]參數(shù)，見(jiàn)P104。得到的結(jié)果和mm_pbsa得到的輸出文件的surface area項(xiàng)基本一致。用這個(gè)方法算，兩個(gè)部分不能相加，比如1的sasa和2的sasa之和不等于1和2的總sasa

mol命令用的分子號(hào)，可以是獨(dú)立的一個(gè)mol ID，也可以是all, top, active,
inactive, displayed, on, off, fixed, free。
mol new   創(chuàng)建一個(gè)新的空分子
mol new f:\sustiva.pdb   創(chuàng)建一個(gè)新分子，讀入此文件
mol addfile f:\sustiva.pdb   讀入此分子到top分子中
mol new和mol addfile后面都可以接參數(shù)，type pdb讀入pdb類型，還支持其它的，包括軌跡等。first <frame>、last <frame>、step <frame>設(shè)置讀入軌跡文件時(shí)讀哪些以及間隔多少。autobonds on/off決定是否自動(dòng)連鍵。molid 5讀入到id=5的分子，只對(duì)addfile管用。
mol load pdb f:\\sustiva.pdb  好像和mol new沒(méi)區(qū)別，不能接其它參數(shù)
mol urlload <file_type> <URL> 從某個(gè)URL地址讀取
mol pdbload 2BBM      讀取某個(gè)四個(gè)字母的pdb結(jié)構(gòu)，從RCSB獲得
mol list 顯示目前已讀取的分子信息
mol list 分子號(hào)      顯示分子號(hào)包括的全部分子的詳細(xì)信息，包括顯示方式
mol color Chain     將默認(rèn)原子上色方式改為Chain，似乎不管用
mol representation  CPK 將默認(rèn)原子顯示方式改為CPK，似乎不管用
mol selection [select_method]     改變默認(rèn)選擇方法
mol modcolor 0 top Chain    將top分子的0號(hào)representation改成Chain上色方式
mol modmaterial 0 top ghost 將top分子的0號(hào)representation改成Ghost風(fēng)格
mol modmaterial 0 top CPK   將top分子的0號(hào)representation改成CPK顯示方式
mol modselect 0 top {index 3} 將top分子0號(hào)representation選擇內(nèi)容為index 3
mol addrep 0    給0號(hào)分子新增一個(gè)representation
mol delrep 1 top  刪掉top分子1號(hào)representation
mol delete top  刪掉top分子
mol on/off 2   顯示/不顯示mol id=2的分子
mol active/inactive 2  激活/取消激活mol id=2的分子
mol default style  顯示style的默認(rèn)設(shè)置
mol default style CPK  設(shè)置默認(rèn)style為CPK
mol modrep 1 top   將top分子的1號(hào)representation套用默認(rèn)設(shè)置，似乎沒(méi)用
mol fix/free 2   設(shè)置molid=2的分子是否fix(固定)
mol top      3     設(shè)置3號(hào)分子為top分子
mol cancel    3       停止3號(hào)分子載入軌跡
mol reanalyze 2      重新分析并輸出2號(hào)原子的結(jié)構(gòu)，比如成鍵情況
mol ssrecalc top     重新計(jì)算top分子的二級(jí)結(jié)構(gòu)
mol rename top  pppp    重命名top分子為ppppp
mol repname top 0   顯示top分子0號(hào)representation的名字
mol rename top rep0   顯示top分子名為rep0的representation的序號(hào)，若得到-1，說(shuō)明沒(méi)那個(gè)名字
mol selupdate/colupdate 0 top on/off  對(duì)top分子0號(hào)representation，開(kāi)不開(kāi)Update Selection或Color Every Frame的選項(xiàng)
mol smoothrep top 0 12對(duì)top分子0號(hào)representation的smooth顯示值設(shè)為12
mol showrep top 0 on/off 設(shè)置top分子0號(hào)representation顯示不顯示
mol scaleminmax top 0 0.3 4.6 設(shè)置top分子0號(hào)rep的color scale范圍為0.3-4.6
mol scaleminmax top auto 設(shè)置top分子0號(hào)rep的color scale為自動(dòng)
mol drawframes molecule_number rep_number [frame specification] 可以同時(shí)播放多個(gè)軌跡，見(jiàn)P108

molinfo list  列出所有分子的ID。 分子即便刪了，它的ID以后也不會(huì)再次被使用
molinfo num   顯示分子數(shù)數(shù)目
molinfo top   顯示top分子的ID
molinfo index 3  顯示第3個(gè)分子的ID
molinfo top get { frame numframes a filename} 得到top分子的當(dāng)前幀號(hào)，總幀數(shù)，和cell的a邊長(zhǎng)，和文件名。大括號(hào)里面寫多少都行（如果就一個(gè)可不寫大括號(hào)），屬性都會(huì)以空格來(lái)分隔輸出。大括號(hào)里支持的keywords見(jiàn)Tabel 8.3
molinfo 0 get { {rep 0} {color 0} {rep 1} {color 1} } 得到第1、2個(gè)representation的形式和參數(shù)（比如NewCartoon和其調(diào)節(jié)參數(shù)），和第1、2個(gè)圖層用的Coloring Method意義(如name)。注意讀入軌跡后，切換到不同幀，get得到的是當(dāng)前幀的信息，比如molinfo molinfo top get {a b c alpha beta gamma}得到的是當(dāng)前幀的盒子信息。

mouse mode x 設(shè)置鼠標(biāo)成為某種模式。x=0代表設(shè)為旋轉(zhuǎn)，1平移，2縮放，3 N設(shè)置為旋轉(zhuǎn)第N個(gè)光源。4 N，N可以是
0: query item 1: pick center 2: pick atom 3: pick bond 4: pick angle 5: pick dihedral 6: move atom 7: move residue 8: move fragment 9: move molecule 10: force on atom 11: force on residue 12: force on fragment   比如mouse mode 4 0 設(shè)鼠標(biāo)為查詢某個(gè)原子信息狀態(tài)
mouse rocking on/off  設(shè)置鼠標(biāo)拉動(dòng)分子后，是否讓分子繼續(xù)旋轉(zhuǎn)
mouse stoprotation    停止分子旋轉(zhuǎn)，包括用鼠標(biāo)拉動(dòng)其自動(dòng)旋轉(zhuǎn)，和rock等命令讓分子旋轉(zhuǎn)所導(dǎo)致的

render list      顯示目前可以用的渲染方法，比如POV3
render options POV3    顯示當(dāng)前使用POV3渲染器時(shí)的命令比如povray +W%w ......
render options POV3 sdfsdf  設(shè)置使用POV3渲染器時(shí)的命令是sdfsdf
render default VRML-1    顯示默認(rèn)使用VRML-1渲染器的命令
render POV3 ppp.pov  [command]   得到POV3渲染器的輸入文件ppp.pov，如果加了[command]項(xiàng)，則緊接著運(yùn)行[command]里面的內(nèi)容，比如執(zhí)行渲染指令，其中%s會(huì)被換為ppp.pov。

rock x by 0.1        每次空閑時(shí)redraw的時(shí)候，繞x軸轉(zhuǎn)0.1度，亙古不停
rock x by 0.001 10000       每次空閑時(shí)redraw的時(shí)候，繞x軸轉(zhuǎn)0.001度，走10000步之后向相反的方向轉(zhuǎn)，etc.
rock off或者直接點(diǎn)鼠標(biāo)就停下rock

rotate x by/to 90    沿x軸轉(zhuǎn)相對(duì)90度/轉(zhuǎn)到以最初視角為起點(diǎn)的絕對(duì)的90度        不改坐標(biāo)
rotate stop   停止旋轉(zhuǎn)

quit或exit           退出VMD

wait 4   等待4秒鐘，這4秒內(nèi)不能輸入任何指令。屏幕上的動(dòng)畫照常播放。

translate by/to  1 3 2      平移到相對(duì)/絕對(duì)坐標(biāo)1,3,2          不改坐標(biāo)

scale by/to   4    使放大尺度因子f為現(xiàn)在的4倍/設(shè)置f為4。  to 0.01就比較合適了      不改坐標(biāo)

stage lcoation  < off | origin | bottom | top | left | right | behind 〉設(shè)置擋板在哪個(gè)位置
stage location  顯示擋板的當(dāng)前位置
stage locations   顯示所有擋板的可用位置，就是上面那一串
stage panels 4   設(shè)置場(chǎng)景中panels數(shù)為4，最大30。也就是指擋板的格子數(shù)
stage panels    顯示目前用的panels數(shù)

vmdinfo version  顯示版本號(hào)
vmdinfo versionmsg  顯示完整的版本信息，最好不要用，會(huì)自動(dòng)開(kāi)一個(gè)vmd
vmdinfo authors  顯示全部作者
vmdinfo arch  顯示目前的架構(gòu)
vmdinfo options   顯示被用于編譯VMD的選項(xiàng)，結(jié)果一般是WIN32 TCL
vmdinfo www  顯示VMD主頁(yè)
vmdinfo wwwhelp  顯示VMD幫助主頁(yè)，結(jié)果和上面一樣

user print keys 顯示所有快捷鍵
user add key a dir      在Display窗口中，按a，就相當(dāng)于輸入了dir，即自定義快捷鍵

menu list   列出所有可以列出的菜單，這些菜單往往不直接出現(xiàn)在GUI上，但很有用
menu cliptool on         顯示剪切工具，可以將分子按照某個(gè)平面切掉平面另一面的所有原子。
menu main off/on          關(guān)掉/打開(kāi)VMD Main
menu pdbtool on         只有前兩個(gè)能用，但沒(méi)什么用，后面那堆網(wǎng)站都已經(jīng)納入收藏夾
menu navfly          打開(kāi)飛行窗口，但是沒(méi)有用
menu pdbtool status    顯示pdbtool窗口現(xiàn)在是開(kāi)是關(guān)
menu main loc          顯示VMD main窗口當(dāng)前位置
menu main move 33 44   把VMD main窗口移到33,44坐標(biāo)位置