在現(xiàn)實生活中，我們經(jīng)常會遇到從0開始計數(shù)還是從1開始計數(shù)的問題。此處先從現(xiàn)實生活中的實例說起，過渡到電腦編程，然后再詳細解釋基因組的坐標問題，最后列出一些有用的網(wǎng)址，感興趣的可以繼續(xù)閱讀、加深理解。

• first floor的問題

In British English the floor of a building at street level is the ground floor and the floor above that is the first floor.
在英式英語中, 樓房地面與街道相平的樓層叫ground floor, ground floor上面的一層叫first floor.

In US English the street-level floor is the first floor and the one above is the second floor.
在美式英語中, 與街道相平的樓層叫first floor, 其上面的一層叫second floor.
注：以上解釋來源于《牛津英漢雙解美化版》。

• 程序中的計數(shù)

在多數(shù)程序（此處以Perl為例）中，計數(shù)都是（此處以數(shù)組為例）從0開始的。比如，對于數(shù)組@array來說，它的第一個元素是$array[0]，第二個元素是$array[1]，……

正因為這種程序與現(xiàn)實的差異，導致了程序員們養(yǎng)成了從0開始數(shù)數(shù)的習慣。（參看：9條編程帶給程序員的壞習慣;）

• 基因組坐標

在生物學的基因組坐標的表示中，有兩種方法：一種是大家比較容易理解的全包含的1-based（one-based, fully-closed），如[start, end]；另一種是容易引起迷惑但卻常用而且易用的半包含的0-based（zero-based, half-open），如[start, end)。下面僅根據(jù)我的理解通過一個簡單的例子來說明一下。至于這兩種方法的詳細區(qū)別以及各自的優(yōu)缺點，請參考后面給出的鏈接。

Sequence：ATGC
1-Index：1234
0-Index：0123

其中TG的坐標位置如何表示呢？

1-based：[2,3]
0-based：[1,3)

還有一種不同的（真正的？）解釋方法如下：

注意：0-based有時候也稱為以0-based開始、1-based結束（zero-based start, one-based end ）。
（注意：還有一種很少使用的坐標表示法，就是全包含的0-based，如[start, end]；此時TG的坐標為[1,2]。）

我們常用的數(shù)據(jù)格式及數(shù)據(jù)庫中，那些使用的1-based，那些使用的0-based？
UCSC的Tables使用的是0-based；
UCSC的Genome Browser使用的是1-based；
NCBI的dbSNP使用的是0-based；
BED、BAM格式使用的是0-based；
VCF、GFF格式使用的是1-based。

• 擴展閱讀

Coordinate Transforms
（UCSC）Database/browser start coordinates differ by 1 base
What are the advantages/disadvantages of one-based vs. zero-based genome coordinate systems
On genome coordinate systems and transposable element annotation
dbSNP 0-based (zero based) vs. 1-based Coordinate Representation
DbSNP Track Notes

備注：如果你發(fā)現(xiàn)本文有錯誤，或者有需要修改、添加的內(nèi)容，請通知我。先行謝過！

補充（20110506）

Explanation from “The SAM Format Specification“.

• 1-based coordinate system

A coordinate system where the first base of a sequence is one. In this coordinate system, a region is specified by a closed interval. For example, the region between the 3rd and the 7th bases inclusive is [3, 7]. The SAM, GFF and Wiggle formats are using the 1-based coordinate system.

• 0-based coordinate system

A coordinate system where the first base of a sequence is zero. In this coordinate system, a region is specified by a half-closed-half-open interval. For example, the region between the 3rd and the 7th bases inclusive is [2, 7). The BAM, BED, and PSL formats are using the 0-based coordinate system.