計算系統(tǒng)生物學(xué)申請總結(jié)

看了很多申請總結(jié)，受益匪淺，但是似乎一直沒有關(guān)于我這個專業(yè)的總結(jié)。感覺自己有必要寫一個，但無奈抽不出時間，于是就由夫人代筆，一起生活十多年，她已經(jīng)看透我了。寫完我讀了一遍，做了少許補充。就這么貼上來吧，希望能對后面申請的同學(xué)有所幫助。
–genome

一、基本情況

1 申請方向: 生物信息學(xué)/計算系統(tǒng)生物學(xué)。是生物、醫(yī)學(xué)、計算、統(tǒng)計等相結(jié)合的交叉學(xué)科，我個人的研究經(jīng)歷側(cè)重network & integrative approach for molecular/population genetics of human disease。

2 背景情況
專業(yè)：自動化，03屆本科，07屆碩士。
GPA：88.1（本科）  92.2（碩士）。排名不高。
IBT：102（口語22）  GRE: 590 800 4.0
科研：一作兩篇，其余若干
獎勵：特獎，優(yōu)秀研究生等
推薦信：4封，分別來自導(dǎo)師，實驗室主任，實驗室的講席教授以及本科期間指導(dǎo)老師。

3 選校和專業(yè)
MIT: CSB = Computational & Systems Biology
Stanford: BMI = BioMedical Informatics
CSHL: WSBS = Watson School of Biological Sciences
HST: BIG = Bioinformatics & Integrative Genomics
Harvard: SB = Systems Biology
Yale: CBB = Computational Biology & Bioinformatics
UCSD: Bioinfo = Bioinformatics; CSE = Computer Science & Engineering
Duke: CBB = Computational Biology & Bioinformatics
Columbia: C2B2 = Center for Computational Biology & Bioinformatics

4 申請結(jié)果：
Offer: MIT, Stanford, Duke, UCSD/CSE
Withdraw: Yale, UCSD/Bioinfo
Waiting list: HST(withdraw)
Rejection: CSHL, Harvard, Columbia

5 經(jīng)驗總結(jié)
我碩士階段轉(zhuǎn)到了一個交叉學(xué)科，此外也由于我的硬件如GPA和G/T不是很強，所以主要是拼研究經(jīng)歷。我大一一開始就接觸這個學(xué)科并確立興趣，大二開始在生物系做研究項目，大三在NIBS實習(xí)，大四進入目前的實驗室開始現(xiàn)在這個課題方向，研一發(fā)表第一篇文章(IF~10)，研二第二篇(IF~5)，此外還有一些二作和會議文章。這些都在申請前完成了，其中第二篇文章是11月才接收的。另外MIT面試后、結(jié)果出來以前，一個ISMB highlight presentation被接收(有必要說一下，這個不是原創(chuàng)性的論文，而是介紹自己已發(fā)表的有影響的工作)。把這些列出來不是為了炫耀(夫人常說我一點都不聰明，適合做科研只是因為我單純執(zhí)著，我想大概夫人自認(rèn)為很有小聰明），而是覺得這些背景對我申請成功很重要，我也希望把背景寫清楚一點，多一點參考價值。

我申請的另一個關(guān)鍵因素是推薦人。因為我申請的是交叉學(xué)科，涉及生物，醫(yī)學(xué)，計算，統(tǒng)計等。最后我組合的是四個老師，其實也是和我關(guān)系最緊密的四個老師，雖然都是做生物信息學(xué)研究，但背景分別側(cè)重分子生物學(xué)，醫(yī)學(xué)，模式識別和統(tǒng)計。我的推薦人中，可能起到最關(guān)鍵作用的是來自CSHL的指導(dǎo)老師。一方面他本人是做computational genomics的，屬于同領(lǐng)域；另一方面他在圈內(nèi)立足很早，也很活躍，人脈比較廣，比如我申請的MIT，Stanford，HST的幾位director都是他的朋友。并不是說申請是靠關(guān)系的，比如我還是被CSHL拒了，被HST放到waiting list；而是說熟人推薦會比較可信，而且也說明所從事的領(lǐng)域確實比較吻合。

我對申請結(jié)果還是比較滿意的，不過一開始接連收到Harvard和Columbia的拒信，也有點恐慌。不過和夫人在一起，相互鼓勵，相信總是會等到好結(jié)果的。另外我們也盡量攢RP，比如收到Stanford offer后就聽取夫人的提議，以最快速度把UCSD和Duke decline了，把Yale和HST withdraw了，最后終于等到了MIT的offer~

整個申請給了我很多收獲，除了申請結(jié)果本身，申請的過程也使自己對所從事的這個領(lǐng)域有了新的認(rèn)識。一方面選校時迫使自己對美國生物信息學(xué)和系統(tǒng)生物學(xué)科研單位進行了比較全面的調(diào)研和比較，而面試過程中又與其中大多數(shù)項目的負(fù)責(zé)人和老師進行了交流，既認(rèn)識了不少人，又促使自己思考真正感興趣和真正擅長的東西。所有這些對我以后的發(fā)展都是很有幫助的。

6 致謝
從去年10月左右到現(xiàn)在，申請差不多持續(xù)了半年。手頭的研究斷斷續(xù)續(xù)，同時安插有其它的事情，每天都是忙碌而充實。這段時間內(nèi)心的感受，有很多很多，不知道怎么描述出來，也有很多已經(jīng)淡忘，就不說了。特別感謝夫人一直以來陪伴在我身邊，悉心照顧，在申請中不斷督促我，給我鼓勵和鞭策，讓申請生活里更多美好，更多順利。包括這個總結(jié)本身，也凝聚著夫人的心血。也要感謝所有推薦我的老師，沒有他們的大力推薦，也不會有我滿意的結(jié)果。此外還衷心感謝實驗室全體同學(xué)，包括已經(jīng)完成飛躍的師兄師姐，和仍在實驗室一起奮斗的同學(xué)們。最后祝所有飛躍的同仁們都拿到自己滿意的offer！

二、學(xué)校介紹
下面根據(jù)我在選校和后期面試中了解到的信息，談?wù)勎覍@些Program的看法。很多意見都和我的研究興趣和背景有關(guān)，所以很可能失之片面。

MIT
CSB全稱是Computational & Systems Biology，是MIT做計算和系統(tǒng)生物學(xué)的一個交叉項目，教授主要來自EECS/BE/BIO等系，也包括Broad institute，CSAIL和HST的老師。這個Program比較屬于小而精的那種，據(jù)說平均每年招7個人，但是教授陣容超豪華，來自14個院系的大小牛共110多人，其實真正參與這個項目的老師應(yīng)該很少，主頁上完全沒有必要列出這么多人來。項目很新，至今尚無學(xué)生畢業(yè)，最老的一屆學(xué)生是第五年，據(jù)說準(zhǔn)備答辯了。清華CS07年有一個師姐拿到這個Program的offer。這個program所有學(xué)生都是兩年的fellowship，之后由導(dǎo)師資助。據(jù)說相對于EECS這樣的系錢更多一些。相對于Stanford/BMI與HST/BIG偏醫(yī)學(xué)臨床應(yīng)用，MIT/CSB和Harvard/SB更基礎(chǔ)一點，也就是systems biology，不過就像名字上的差異一樣，相對于Harvard/SB,MIT可能更偏計算，還有基因組學(xué)，而非物理和數(shù)學(xué)，但也不是純粹的bioinformatics，而是希望回答一些基本的生物學(xué)問題。在與這里老師和學(xué)生的交流中我了解到，MIT/CSB比較注重區(qū)分bioinformatics與systems biology。前者大概就是指比較經(jīng)典的sequence, database, software and algorithms等等。就systems biology而言，我覺得MIT的這個CSB應(yīng)該是最好的。當(dāng)然隔壁Harvard還有一個Systems biology department，只能說是各有側(cè)重，不同背景的人會有不同偏好，我個人比較喜歡MIT這個。負(fù)責(zé)招生的是Professor Chris Burge，很年輕的一個大牛，也比較喜歡玩新東西。我比較感興趣的另外一個老師是Ernest Fraenkel，也很年輕，同時掛在BE和CSAIL。

Stanford
一開始選校的時候我在Stanford沒有找到合適的Program.我們實驗室以前的學(xué)生基本上在Statistics系Professor Wing Wong那里，他是我們實驗室的Chair professor，拿過統(tǒng)計學(xué)界的最高獎。申請前他在我們實驗室，跟他聊過。雖然是在statistics系，他現(xiàn)在很偏biology，我有點想去他那里，不過我不喜歡統(tǒng)計，也不想考sub，而且統(tǒng)計的背景也不強，而Stanford統(tǒng)計排第一，估計被拒。他跟我說Stanford進去之后可以隨便選導(dǎo)師，所以申哪個program并不重要。不過實際上如果申請時老師給你爭取到了很多錢，去了后再轉(zhuǎn)系也不好意思。后來我選擇申的BMI是在School of Medicine下面，我們實驗室有個師兄三年前也被這個program錄取了，不過他做的是醫(yī)學(xué)圖像處理。另外Stanford還有一個Chemical Systems Biology Program，我沒有Chemical 方面的背景，沒有申這個方向。從專業(yè)排名上看，Stanford是bioinformatics最好的選擇之一。US NEWS排名里面，Biology下有一個分支Genetics/Genomics/Bioinformatics，Stanford與MIT并列第一。另外從大的學(xué)科看，兩校CS也并列第一，Biology則是Stanford第一，MIT第二。Stanford優(yōu)勢可能還在于其醫(yī)學(xué)院排名也在前10，而MIT則沒有醫(yī)學(xué)院,不過與Harvard medical school合作比較多。與MIT/CSB和Harvard/SB相比，BMI跟醫(yī)學(xué)的關(guān)系大一點，主要是medical/clinic/translational bioinformatics。所以應(yīng)該和后面要介紹的HST比較像。但是這里也有些老師做很基礎(chǔ)的生物問題。和HST一樣，這也是一個比較早建立的program，有二十年以上的歷史了。從該program畢業(yè)的校友現(xiàn)狀來看，基本上都是和醫(yī)學(xué)相關(guān)的，很多都同時是MD。我最感興趣的老師包括Professor Altman和 Butte，不過他們目前做的主要是translational bioinformatics，跟醫(yī)學(xué)和臨床走得很近，本身兩個人就都是MD。Altman是BMI的director，BE的chair，也曾是我們這個協(xié)會（ISCB，國際計算生物學(xué)協(xié)會)的主席，年紀(jì)也不算大，是個在圈內(nèi)很活躍的人。目前主要精力應(yīng)該放在pharmacogenomics,研究人與人之間遺傳差異對于用藥的影響。這個在不遠的將來，對個性化醫(yī)療有直接的貢獻。他也做protein structure。他也是現(xiàn)任北大生物信息中心主任PhD時期的老板。Butte則是一個青年才俊，極富激情極富感染力的一個人，從HST畢業(yè)后就在Stanford做了faculty。Butte毫不掩飾他對Stanford/BMI的喜歡，他說Stanford的BMI與HST的BIG應(yīng)該是全美top2的program，而且BMI應(yīng)該略勝一籌:。我認(rèn)為他應(yīng)該是指medical informatics，而不是整個computational biology。后來在HST/BIG 的面試中，BIG的老大很贊同Top2的說法，該老大就是Butte曾經(jīng)的老板，呵呵。后來我和夫人同Stanford statistics的師兄聊天，說到BMI的qualifying很簡單，給錢超多，因為是在醫(yī)學(xué)院下面。后來同另一個在Stanford工作的師兄聊天，得知這其實和Altman本人的關(guān)系也很大，呵呵。

CSHL
Cold Spring Harbor Lab. 中文名也很好聽：冷泉港實驗室。是一個風(fēng)景很美的地方。做生物尤其是分子生物學(xué)的人應(yīng)該都知道這個地方，有人說這里是現(xiàn)代生命科學(xué)研究的圣地。大約10年前他們開了一個叫做Watson School of Biological Sciences的PhD Program。Watson是DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的提出者之一，也有人說他們這塊諾獎是含金量最高的一塊，為分子生物學(xué)，現(xiàn)代遺傳學(xué)，基因組學(xué)….等等學(xué)科奠定了基礎(chǔ)。他很長一段時間是CSHL的頭，為CSHL的發(fā)展作出了不可磨滅的貢獻。去年因為發(fā)表言論涉及種族差異，大概是迫于壓力就退了。不過CSHL里面的人都很喜歡他。這個以他名字命名的Program每年招7-9個人。去年招了14個，今年說要控制在8個。給的是Biology的學(xué)位。不得不說CSHL是很有錢的。像今年這樣的年景，他們請了50個左右的學(xué)生去面試，費用全包。Watson school的學(xué)生在這里很受重視。這里除了faculty外，做研究的還有postdoc，SUNY-Stony Brook的學(xué)生，都說watson school的學(xué)生待遇要好很多。比如一入學(xué)給每個新生都配Mac。Watson school的網(wǎng)站很不錯，信息很全面。里面比較嚇人的是他家學(xué)生的publication，CNS的不少。CSHL的強項在于cancer和neurobiology。尤其是前者。Neurobiology有幾個大牛最近從CSHL出走了，比較受傷。新招了幾個年輕的faculty，據(jù)說有點參差不齊。不過在那里待了幾天，感覺CSHL像是要大力發(fā)展neuroscience一樣。CSHL做bioinformatics的其實不少，可能比neuroscience還多，但是感覺在這里地位不如做neuroscience的。以前有個基本純做computation的大牛Lincoln Stein,參與主持過WormBase, Reactome, HapMap等大的project，可惜最近也出走了。CSHL的測序很強，積極參與各物種的測序工作，目前CSHL擁有大量下一代測序儀，其測序能力據(jù)說僅次于MIT的Broad Institute。CSHL另外一個吸引人的地方是這里召開的學(xué)術(shù)會議。每年都有大量的高端學(xué)術(shù)會議，吸引全世界約8千名學(xué)者，第一時間公布大量最新研究成果，其中不少會在半年后出現(xiàn)在CNS等各種期刊上。所有這些會議，CSHL的人員都是可以免費參加的。這個program另外一個吸引人的地方是主張四年P(guān)hD畢業(yè)，不過后來發(fā)現(xiàn)大約只有三分之一的學(xué)生能做到。對我而言，申請這里最主要的原因是我的指導(dǎo)老師之一是這里的教授，如果能繼續(xù)在他的指導(dǎo)下做研究，是非常不錯的。

HST
準(zhǔn)確地應(yīng)該寫成Harvard-MIT HST。HST表示Health Science and Technology。HST是Harvard和MIT合作創(chuàng)辦的，有三十多年的歷史，整合了全美排名第一的Medical School和Engineering School，對于申BME的同學(xué)而言，應(yīng)該是不錯的選擇。我申的是其下的MEMP下的BIG Training Program. MEMP表示medical engineering & medical physics, BIG表示Bioinformatics & integrative genomics. 大多professor來自harvard medical school，MIT，以及兩校附屬的各大醫(yī)院。BIG里面的很多老師都同時參與了MIT的CSB，我兩個都申請了，就是希望增大一點錄取的概率。其實BIG與CSB是很不一樣的兩個program。BIG的訓(xùn)練側(cè)重為醫(yī)學(xué)和健康服務(wù)，學(xué)生需要學(xué)生理和醫(yī)學(xué)的課程，要進醫(yī)院實習(xí)；而CSB則側(cè)重研究基本的生物學(xué)機制。申請過程中曾在網(wǎng)上看看到一些信息，說HST招生過程中存在一些問題，導(dǎo)致國際學(xué)生很難被錄取。后來在CSB的面試中，從一位老師那里得到了類似的說法。她同時參與CSB和HST兩邊的招生，她說顯然CSB更好，HST的問題在于其招的學(xué)生需要MIT或Harvard其它系出錢，通常其它系不會很愿意。最后我被HST放到waiting list，也是說funding很緊張。建議國內(nèi)的學(xué)生不要再申請這個program，或者最好是申請mit或harvard的其它系，因為很多老師也掛靠在單獨的系。

Harvard
Harvard成立了世界上最早的Systems Biology Department，我申請了這個系，不過直接被據(jù)了，連interview invitation都沒有。估計是方向不匹配。當(dāng)初選校的時候就沒有找到方向特別匹配的老師。他們比較偏Physics和Chemistry，基本沒有做computational的。雖然我也喜歡biophysics，但是沒有相關(guān)背景。

Yale
我是奔著一個老師去的，Mark Gerstein。他是Yale CBB Program的Director，CBB的全稱是Computational Biology & Bioinformatics。Gerstein是network biology領(lǐng)域的大牛，當(dāng)然在structure等方面也很強，不過我不是這個方向。據(jù)我老板說，審材料的是他的一個同學(xué)，完事后告訴我老板說應(yīng)該會錄取我。后來與Gerstein電話面試，強調(diào)好幾次說對于國際學(xué)生而言，錢是個問題。。。拿到Stanford的offer后我為了給MIT攢rp就趕緊withdraw了。夫人一直不太喜歡Yale這種偏文科的學(xué)校（也許是她接觸文科太多的緣故）。在網(wǎng)上也看到一些說法，說Yale比較喜歡北大的學(xué)生。看了一下CBB學(xué)生的publication，感覺一般。CBB program里有兩個population genetics的華人Heping Zhang和Hongyu Zhao，都做的挺不錯。后者也做pathway和network方面的分析。我申這個program還有另外一個原因，是我發(fā)現(xiàn)professor Deng XW也在這個program兼職，他是NIBS的director，我曾在那實習(xí)，可惜沒要他的推薦信。其它faculty： http://cbb./faculty.html 。

UCSD
也是奔著一個做systems/network biology的大牛去的，Trey Ideker，小帥哥一個，大約幾個禮拜前剛得到了我們這個協(xié)會的年度最高獎，授予有杰出成就的青年才俊。據(jù)說UCSD自然環(huán)境極佳，生活愜意，不過國際學(xué)生很難拿offer，夫人似乎也不太喜歡這里，綜合排名不是很高。我申的是他們這里一個跨系的Bioinformatics Program，不過主體應(yīng)該是在Bioengineering department，但老大是CS的大牛pavel pevzner, 極少數(shù)做computational biology的HHMI（生物醫(yī)學(xué)研究里面一個比較崇高的榮譽，授予上升期的大牛）. 今年開始在各個系比如CSE有了specialization in bioinformatics，也可以申請，我是申請完后才知道的。不過他們主頁上已經(jīng)做了更新（http://bioinformatics./）。最后我從UCSD拿的offer就是CSE的，說來奇怪。CSE的一個老師讓我把材料也copy一份到CSE，說同時申請增大被錄取的幾率，于是我照做了。結(jié)果CSE這邊先給了offer，三年的fellowship，也是我收到的第一個offer。最后我withdraw了Bioinformatics program的申請，其實很想看看Trey Ideker收不收我，不過當(dāng)時已經(jīng)拿到了Stanford的offer，decline了UCSD CSE的offer，然后Pevzner發(fā)信問我是不是還準(zhǔn)備要UCSD Bioinfo的offer，我只好withdraw了。CSE系做Bioinformatics的基本就三個人，當(dāng)然其中一個是大牛Pevzner。他們做的東西主要是proteomics，evolution之類，比較偏算法，和我的方向也很遠。Bioinformatics Program里邊有很多老師不錯，比如Ideker是systems biology的pioneer之一，雖然還很年輕，在我眼里，大概就是network biology這個領(lǐng)域最大的牛人了。另外有兩個華人大牛，一個是發(fā)明Chip-chip的Bin Ren，做transcriptional network，另一個是做biophysics的Terrence Hwa，其實也做很多network的東西，近兩年越來越偏biology了。另外還有一個更年輕一點的Wei Wang，相對前兩個更像bioinformatics，偏點計算，而非實驗技術(shù)或物理模型，做得也很歡。我一直覺得UCSD的bioinformatics & systems biology是一個非常不錯的program。所有faculty的列表在這里: http://bioinformatics./faculty/ 。建議大家申請時可以同時申Bioinformatics Program，以及自己專業(yè)所在系的Bioinformatics specialization.差異大概在于從具體系申請只能跟具體系的老師。

Duke
Duke也有一個很強的CBB Program，和Yale的叫同一個名字。我的第一個面試就是來自于Duke，大年初一。面試感覺比較糟糕，第一次面，很緊張。不過后來他們還是給了offer，而且開出了Chancellor’s scholarship，很厚道的說。這個program里面有很多大牛，不過我是去看publication才知道的，因為和我做的東西還是有點遠。

Columbia
奔著另一個network/systems biology的大牛去的：Andrea Califano。我參加了他家主辦的一個國際競賽，做network reverse engineering，成績還不錯。跟他陶瓷也還蠻熱情，說幫我盯著。不過申請時發(fā)現(xiàn)需要Sub，我不打算考，發(fā)信問小米，說也可以申請，不過同等條件下優(yōu)先考慮有sub的。于是就申了。最后直接被據(jù)了。這個優(yōu)先權(quán)也太優(yōu)先了吧，估計是第一輪審材料的時候直接被刷了。夫人說就不應(yīng)該申請這個，我說保個險嘛，沒想到最先被拒了。感覺他們家招生也不太合理，不利于計算背景的學(xué)生申請。Columbia的計算生物學(xué)主要老師都集中在C2B2 Program，不過看樣子主要是從Biomedical Informatics Department過來的老師。招生的時候C2B2是作為Computational Biology Specialization of the Integrated Program in Cellular, Molecular, and Biomedical Studies。每一個Specialization派一兩個老師到Integrated Program的committee，計算背景的學(xué)生就不太容易進去了。他們家?guī)熧Y還是不錯的：http://www.c2b2./people.php 。除了Califano, 還有做DNA motif finding的大牛Harmen Bussemaker。

三、面試經(jīng)驗
因為專業(yè)原因，我申請的學(xué)?；径家嬖嚕ū就?，Skype遠程，電話，算起來一共有二十多個教授，也是申請過程中花費精力最多的一個環(huán)節(jié)，所以寫詳細點，可能還有點啰嗦。在我看來，面試是申請過程中非常關(guān)鍵的一個環(huán)節(jié)。不少前人說面試不是很重要，主要是考察口語。從我申請的經(jīng)歷來看，面試的意義不止這些，特別是對于自己的dream school水平的學(xué)校，進入面試后可能申請材料本身已經(jīng)不能使你脫穎而出，而面試后淘汰率又比較高（我申請的學(xué)校是這樣），面試將決定成敗。除了面試過程本身的發(fā)揮，面試前的準(zhǔn)備很大程度上決定面試的效果，而面試后與教授的進一步陶瓷也有可能改變面試的結(jié)論。對于面試前的準(zhǔn)備，除了通過網(wǎng)站和Publication了解項目和教授的情況，我都特別去網(wǎng)上找教授作報告的視頻來適應(yīng)他們的語音和語調(diào)。另外，面試后積極與教授聯(lián)系，也是我能通過面試拿到MIT offer的一個重要因素。希望下面各個學(xué)校的面試的細節(jié)能為以后需要面試的同學(xué)提供一些有用信息。不感興趣的可以跳過每個面試的細節(jié)。

1，     最早的面試來自Duke。唯一一個在家面試的學(xué)校。時間是1.26晚上10：30，大年初一，三位教授一起面，兩男一女。之前申請的時候?qū)BB項目做了些了解，而家里不能上網(wǎng)，于是去網(wǎng)吧查了一下面試?yán)蠋煹难芯糠较?，只有一個是我感興趣的。自己想了幾個問題，就等著晚上面試了，所以準(zhǔn)備不是很充分。大年初一本應(yīng)該出去拜年的，也沒去成，幸好夫人一直陪伴我。八九點鐘的時候，夫人已經(jīng)困了（回家就是容易早睡早起），但是還在勉強支撐，最后實在不行了，要求睡半個小時，半小時之后一定要叫醒她。10：30電話打來，夫人睡意一下子煙消云散了，變得警醒，一直在旁邊聽。面試還算順利，但是第一次畢竟有些緊張。先問為啥對Duke和CBB感興趣，然后問我的研究興趣，然后讓我介紹一下我發(fā)的一篇文章，然后一個教授讓我介紹一下我在SNP方面做的工作，大概這是她的研究領(lǐng)域。然后輪到他們做介紹了，再然后就問我有啥問題要問。我其實沒啥好問的。先問一下啥時候出結(jié)果，然后就說看過網(wǎng)頁上詳盡的介紹了，很不錯的program。為了給他們機會夸一下自己，就問相對于其它類似program，Duke CBB的優(yōu)勢在哪里。果然他們就開始長篇大論起來，主要是跟Yale的CBB比了一下，大意是說Duke CBB和biology與medicine聯(lián)系的比較緊密。最后他們問我有沒有其它學(xué)校邀請本土面試，有的話一定去Duke看看，他們可以分?jǐn)傎M用。末了對方老大夸我發(fā)音很好，我急忙說thank you，沒想到之后他又接了句”對以一個從來沒有到過美國的人來說”。我尷尬一下，夫人無語一下。面試結(jié)束，夫人就開始balabala我哪里哪里說的不好，表達不地道，或是”嗯”得太多……一堆問題，讓我下次一定要改正，最后才開始表揚我說的好的地方，總而言之就是批評指正。30分鐘的面試大概說的也就是：我介紹我的幾篇paper；對方介紹項目情況；對方提問題；我提問題。第一個面試，很緊張，不過還好不是dream school. 一直到兩周后回學(xué)校才給對方三個教授每人發(fā)一封感謝信，強調(diào)一下很激動很緊張，解釋一下沒說好的地方。從后面結(jié)果來看感謝信還是有點效果的。

2，     Yale的面試。面試我的是CBB的director，也是我最感興趣的教授，Gerstein. 為了好好準(zhǔn)備，除了從PubMed調(diào)出他所有publication的摘要，還特意到網(wǎng)上搜刮有關(guān)他的ppt和視頻、音頻，慶幸的是我找到了一個帶音頻的講座和ppt，感覺他口語還不錯（我聽著比較滿意~），就是有點不是很陽剛~。不過面試內(nèi)容有點出乎預(yù)料。因為我準(zhǔn)備的面試都是以research為中心，而他卻主要是問我的家庭背景，求學(xué)經(jīng)歷，興趣愛好，教育背景等等。其中說愛好的時候輪滑這個單詞沒記住，說成skate rolling，應(yīng)該是roller skating，汗。不過他重點考察的似乎是我為啥對science感興趣，進一步為啥對biology感興趣，為啥對computer science感興趣。他還問我怎么會認(rèn)識Prof Deng, NIBS的director，Yale CBB的professor。于是又介紹了一下我在NIBS的實習(xí)經(jīng)歷。面試結(jié)束，夫人開始說這個教授咋不討論討論科研啊，真是的……然后又說我咋不全面準(zhǔn)備呀，真是的……最后還是表揚我了，說是教授不對……不管如何，面試之后發(fā)信感謝，并附帶更新了一下我的CV，因為Yale材料提交的很早，11月初。他還回了一下，說會好好看。

3，     Stanford的面試。申請的時候，會要求自己選兩個教授，我挑了一個方向很match的，professor Butte，另外一個一般match的，professor Altman，是director。兩個人都是MD+PhD。事實證明這兩個老師可能確實是和我方向最match的。面試前我廣發(fā)套磁帖，因為大多不回復(fù)，于是接著發(fā)，發(fā)了有七八個。這也可能是后來Altman說很多老師都希望我加入BMI的原因。我主攻的是Butte。Butte最近發(fā)了一篇Genome Biology，我們這個方向很好的一個雜志，媒體報道很多，該文引用了我的第一篇文章，然后我看他們lab meeting上還討論了，于是發(fā)信去套了套磁，說他這篇文章發(fā)現(xiàn)了一個重要現(xiàn)象和它的重要應(yīng)用價值，但是沒有給出可能的解釋，然后我給了一個。說起來其實不是正面的解釋，而是說他們的結(jié)果可能是artifact。說得較婉轉(zhuǎn)，發(fā)完后才覺不妥，不過他回復(fù)的時候順便告知我進入面試了。最后還是這兩個老師面試我。先是Butte，夫人記得清楚點，是2.23早晨，另一個是Altman，一直在全世界飛來飛去，直到他們committee開會前兩天(3.10)才面的我(我中途去了趟冷泉港，也耽誤了一個禮拜)。與Yale的面試一樣，我也先在網(wǎng)上搜集了兩位老師的視頻音頻以及一些采訪文章，不看不要緊，一看都被吸引了。其中Butte是一個非常令人exciting的人，按夫人的話說是精力充沛型和熱情高漲型。我的推薦人之一曾多次審過他的NIH proposal，說他是一個野心勃勃的人。他致力于研究人類所有疾病(和我一樣呵呵)，他的導(dǎo)師也就是HST BIG項目的老大曾經(jīng)說過，如果有人能做這件事情的話，那就是他的學(xué)生Butte了。HST的老大對這位學(xué)生可謂推崇備至，人走之后還在自己主頁上留一個連接，存著他人在實驗室時的一些照片。言歸正傳，和Butte的聊天很愜意，用夫人的話說，就是很愉悅。他聲音很大，夫人在一邊都聽得蠻清楚。一上來說我背景很impressive，很match，問我怎么認(rèn)識我在CSHL的推薦人，然后問我現(xiàn)在在研究什么，我就先說了一個別人剛發(fā)表的背景文章，他說哎他剛看過，然后問我具體是怎么做的，于是又blabla。我又說我做的這個東西和他實驗室正在做的正好互補，是不是可以結(jié)合，他說是啊，從來沒遇到過你這么match的學(xué)生，呵呵。然后他介紹他們這個program，也問我還申了什么學(xué)校，我就說了他原來老板所在的HST，他說他在那呆過，也是很好的program，和Stanford這個有一拼，在biomedical informatics training方面，兩個都是全美最好的，不過真要比起來，Stanford這個還要略勝一籌呢。兩人大笑。然后他介紹他實驗室，直接說錢很多，項目很多，數(shù)據(jù)很多，就是缺能分析的人，最近做了幾個很大很大的項目，thousands of patient samples, 有幾個已經(jīng)投了文章，有幾個還在做云云。最后說歡迎我去。面完后我和夫人大喜過望，我一掛電話夫人就跳起來kiss我：）與第二位教授的面試則有點柳暗花明的意思。協(xié)商面試具體時間就往來了有五六次的樣子，有一次他在愛爾蘭開會還臨時打算偷空面試我，不過沒成。最后面試的時候，一開始也是很例行公事的問我的背景和研究。我見勢不妙，就開始套近乎，說我在CSHL的推薦人大力推薦我來這里，其實他們兩個非常熟，這時他開始有點興趣了。然后我又提到Butte，說我們互相都很滿意，然后說這個program是全美最好的，他就樂了。面試快要結(jié)束的時候，他問我有沒有什么問題要問。這時我就問了一個我針對他的研究方向精心準(zhǔn)備的問題，其實是一個非常簡略的proposal，idea應(yīng)該不錯，不過我沒覺得現(xiàn)在是可行的。沒想到他聽完后非常激動，說this is exactly what we are doing。原來他們剛有一個類似的工作被一個很好的雜志接收了。他說一掛電話就把還沒發(fā)表的稿子給我。并且說，他和butte一直想找個學(xué)生一起培養(yǎng)，言下之意大概就是我了。高興和激動之余，他說我的申請結(jié)果已經(jīng)是predictable。就這樣結(jié)束了面試。我和夫人再次大喜過望，再次擁抱。一分鐘之后，收到了他的說的稿子。我仔細閱讀發(fā)現(xiàn)了更多的聯(lián)系，他們的方法的基本框架正是我第一篇文章試圖改進的。此外我也把我的proposal改進了一些，然后放在一起寫了封回信。大約是第二天他們就開會討論，結(jié)果出來馬上告訴我，一點意外都沒有?？傊?，stanford的面試是最成功的，夫人也是極其喜歡這個學(xué)校和這些老師的。

4，     HST的面試。是由項目老大和老二面試的。同樣我也找到了老大的一些視頻和錄音，適應(yīng)了一下他的語音語調(diào)，可惜老二的沒有找到。老大來自Harvard medical school, 不過同時也是麻省兒童醫(yī)院的教授，就是前面提到的Butte曾經(jīng)的老板。我和他談的還很開心，一方面他也是我CSHL推薦人的朋友，另一方面我也大贊了一下他的得意門生Butte，并表示我也想做類似的事情。對方很開心，說一定給我一個很積極的review。第二天早上也就是3月10號第二個面試，是這個program的co-director，來自MIT。他的背景是統(tǒng)計物理，做biological network。和我的研究方向還有點match，不過我們的面試只能說一般般吧，沒啥亮點，只是例行公事的一個面試的感覺。有一個沒回答好的問題是，他問我覺得自己過去后最需要提高的是什么，我說是醫(yī)學(xué)和生物學(xué)的知識。后來想了想，應(yīng)該把統(tǒng)計也加上的，這大概是他的本意。在3.19居然收到了waiting list的通知，當(dāng)時比較失望吧只能說，雖然知道HST面試后淘汰率高達2/3，而且招國際學(xué)生的概率更小，但是還是有點小難受，畢竟每個面試都是自己精心準(zhǔn)備過的，花了一番心思，所有這個結(jié)果對我們來說比較是不如意。恩，不過夫人還是很高興的說，拿到關(guān)鍵的offer就好了，我也就釋懷了。

5，     MIT的面試。面試時間一拖再拖，對方好像不著急，后來才知道也是分批次的。我們這一批是3月16號。人應(yīng)該不多。每個學(xué)生安排有3個老師，每人半小時，外加負(fù)責(zé)招生的老大Chris Burge要講一個小時的Program Overview。只有我一個是遠程面試，其余都是本土，但同時進行。所以Chris講Overview的時候特意為我安排了Skype，通過Skype的screen sharing和視頻進行。另外三個面試則是電面。最初的時候小米讓我提供三四個感興趣的老師的名單，結(jié)果后來安排的面試名單里面一個都沒出現(xiàn)，安排的三個都是方向和我不相關(guān)的老師。還好每人也配了一個student host，就是高年級的學(xué)生負(fù)責(zé)答疑。我的student host是清華CS07年去的一個師姐，從她那里我了解到不少信息，包括三個面試?yán)蠋煹囊恍┣闆r。據(jù)她講競爭很激烈，很多來自Stanford/Berkeley和MIT本校的學(xué)生，最后大概也就錄取7-8個人，而第一批本土面試的已經(jīng)發(fā)了6個offer，我說這還有啥希望。。。她說很多人會拒掉?；貋碚f我的面試吧?？偟母杏X是有點混亂，雖然老大Burge顯得很盡心。最初安排的三個老師中的最后一個時間還待定。最后過了兩天小米才想起來這事。原定第一個面試的老師在開始前幾分鐘發(fā)信來說，他們那電話系統(tǒng)出問題了，說面不了了，后來也一直沒聯(lián)系。小米后來就換了一個，不過還好換成了跟我方向很match的一個老師；原定第二個老師不知何故也被小米換掉了，換成一個與我方向不相關(guān)的老師，不過面試效果挺好；原定第三個老師一開始時間未定，后來也大概一直忘了這事，幾天后小米才發(fā)現(xiàn)不對頭，臨時讓第三個老師給我打電話，那時我正睡覺，之后才又定了個時間面試?？傊杏X是比較混亂。有點失望的說。關(guān)于面試的內(nèi)容，沒有特別想說的。Burge的Program Overview準(zhǔn)備的一般吧，主要是Skype音質(zhì)也不佳。三個電話面試中，唯獨一個做structure的女教授和我聊的很好，她的個性很開朗，夫人對她的發(fā)音贊不絕口，因為她聽得特別舒服，然后基調(diào)是她想招一個做計算的人去她實驗室，因為現(xiàn)在的那個學(xué)生馬上就要走了。從她這里還了解了一些HST的事情。其他兩個老師都比較嚴(yán)肅，然后也找不出特別的關(guān)聯(lián)出來，沒出彩的地方。尤其是最后這個老師，本身是做微電子相關(guān)的計算問題，我怎么都想不出來和這個program有啥關(guān)系，和我更是沒關(guān)系。他自己也說他和這個program大多數(shù)老師的方向都不一樣。不知為啥，他總強調(diào)如果我想做Bioinformatics，就不要去了，他們這里是systems biology，是要回答mechanism的，是注重biophysical和biochemical level的，嚇得我趕緊強調(diào)我就是想做systems biology的。面完后也趕緊寫了封郵件，說我如何在biology上下了功夫，我的研究成果發(fā)表在molecular systems biology上，一個很好的做systems biology的雜志，注重molecular mechanism，總之是為了表明我不是他說的那個反面。這個老師回信說會把我的意見轉(zhuǎn)達給committee。我想這個郵件可能是起了一點作用的。另外，第二個面試是我感興趣的一個老師，不過這個老師的個性不是那么開朗，聊的有點悶。之前的準(zhǔn)備過程中發(fā)現(xiàn)這個老師最近發(fā)表了一篇很大的文章，我就仔細研究了一下，面試時夸了一下，說我想做的就是這樣的研究。不過貌似效果不是很明顯。面試完后我趕緊重新仔仔細細地看了一下他們這篇以及相關(guān)的文章，提出來一個進一步研究的proposal，給他發(fā)了過去。這個老師回信說蠻好的，我提了一個很重要的問題，和他們的研究很相關(guān)，希望將來有機會進一步面對面討論。于是希望又變大了一些。后來聽師姐說這個program招生基本上是Burge說了算，而我又沒安排與Burge的面試，所以我也把我和這個老師的討論轉(zhuǎn)給了Burge。另外我也盡量和Burge多聯(lián)系，爭取多留下些好的印象。比如面試過程中我有一篇很好的二作文章(IF~9)被接收，就趕緊給他轉(zhuǎn)了。面試完后我又有一個頂級會議(ISMB)的highlight presentation被接收，也趕緊給他轉(zhuǎn)了。他都回了信，說是值得驕傲的成就。現(xiàn)在想起來面試后的不斷陶瓷可能起了關(guān)鍵作用。就算不能證明你真的很強很強，也能說明你很在意這個program，如果發(fā)offer給你你去的可能性很大，這個信息對他們也是有用的。

6，     CSHL。冷泉港是唯一一個本土面試。按照他們的傳統(tǒng)就是必須去那里面試才可能收到offer，而面試后淘汰的概率也很高（大約5/6被淘汰）。簽證異常順利，對于這樣一個敏感專業(yè)，我應(yīng)該是我們實驗室唯一一個沒有被check的人，算是RP爆發(fā)。2.25夫人送我去機場。還從來沒有坐過飛機，沒有出過國，夫人擔(dān)心得不行，眼睛都哭腫了。晚上7：20的飛機，在韓國仁川機場轉(zhuǎn)機，穿北極到紐約肯尼迪機場。晚上12點左右到的仁川，而下一班飛機是在第二天中午11點。這時發(fā)現(xiàn)CSHL沒有訂旅館，于是就在機場座椅上睡了，也是這期間感受到了韓國人民的友好，幫了不少忙，感謝。到了26號上午11點，才登上去紐約的飛機。下飛機的時候找到了一位同去面試的韓國學(xué)生，機場有CSHL的接送人員，不到一個小時就到了位于長島的CSHL。每人給了很多資料，很多零食，然后下午3點就開始面試了，第一天3個教授，第二天從早上9點半到下午5點半，另外11個教授，都是每人半小時，拿著地圖找他們的實驗室。冷泉港的main campus不大，散布著大大小小的房子，通常一兩個實驗室在一棟房子里。我在國內(nèi)的時候把每個教授都了解了一下，基本就是看他們的研究介紹，發(fā)表的文章，然后設(shè)計幾個問題。后來給安排的十四個教授基本上沒有包括我感興趣的教授，當(dāng)然除了我的推薦人。其中還有很多是做神經(jīng)和植物的，對于這些教授，我基本上就沒什么可以準(zhǔn)備的學(xué)術(shù)問題了。后來面試的時候，大部分時間是討論我做過的研究。感覺面對面交談比電話面試舒服多了，語言也更加流利，很奇怪。這里的教授每一個給我的感覺都不錯，很干脆，很敏銳。其實我做的東西和他們中大部分都沒關(guān)系，他們聽我講完都能提出一些關(guān)鍵的問題。其中屬Greg Hannon最突出了。他是冷泉港這里的一個標(biāo)志性人物。每一個高年級的學(xué)生都會問你有沒有面過Greg，有啥特殊感覺沒有。做microRNA的應(yīng)該都知道Greg，大牛，有人說他該得諾獎。他也是招生的總負(fù)責(zé)人。第一天下午我就和他談，他很認(rèn)真地看了我的材料，最后非常直接地指出我們這一類工作的局限性。面試的老師里面除了我的推薦人，還有兩個華人老師，我們相談甚歡，雖然是用英文。其中一個做植物，一個做神經(jīng)。限于篇幅，就不一一介紹每一個面試了。下面說一下在那邊面試之外的安排吧，很豐富的，以后來面試的同學(xué)可能很關(guān)心:)。每個面試的學(xué)生都配有一個高年級的watson school的學(xué)生做student host，第一天晚上opening完后分組由這些學(xué)生帶我們出去吃晚飯。面對菜譜我一點概念都沒有，旁邊的學(xué)長越解釋我越不明白，最后看見有個帶duck，apple的菜就點了。勉強能吃吧。最后居然是一個人撿的賬，花了500多刀。然后回去參觀一年級學(xué)生的房子。一年級學(xué)生基本住在一個房子里面，非常漂亮的一棟小白樓，位于主校區(qū)對面，隔著小港灣。如果是couple，就另外有地方住。參觀完后接著帶我們?nèi)ampus里的一個小酒吧，大家要了點喝的然后隨便聊天，說實話我不習(xí)慣。負(fù)責(zé)我的高年級學(xué)生來自波蘭，他很積極地幫我聯(lián)系在CSHL里面做計算的老師和學(xué)生。這天晚上我們?nèi)reg實驗室找了一個學(xué)生，他和另外幾個人基本上就是做純的機器學(xué)習(xí)了。第二天上午一部分學(xué)生還有面試，我沒有。我們實驗室有一個師兄在那邊工作，他們這天上午正好開車去買菜，很熱心地順便帶我去附近的商場買小禮物，給夫人和實驗室。中午吃的pizza，然后高年級學(xué)生帶著參觀校園，講歷史，主要是CSHL在cancer研究方面的歷史貢獻，以及Watson對CSHL的貢獻。下午CSHL安排的是和Watson的座談。我們每人收到一本他簽名的《double helix》，據(jù)說這個簽名比最流行的明星簽名還要珍貴，呵呵。我最近一次見他大概也是一年多前了，感覺狀況已大不如前。他還是很健談，一如既往的自負(fù)，嘮嘮叨叨一個多小時，好幾個人進來催了才停住。一開始大家做自我介紹，這時我才知道有這一批來面試的16個人中，只有6個國際學(xué)生，一個來自加拿大，3來自中國 (兩個北大，RY老師推薦的)。另外兩個國際學(xué)生記不太清楚了。在場有一個Berkeley的學(xué)生，結(jié)果Watson直接說他不喜歡Berkeley，搞得那個學(xué)生很郁悶。聊完后我們一一和watson握手道別，由高年級學(xué)生送到火車站，去紐約吃晚飯，然后看Broadway show In The Heights。第一次看，感覺還不錯的說，不過我實在太困了，也許時差沒倒過來，差點睡著了。這天晚上回去在一年級學(xué)生住處有一個party，歡送我們這批，一直到凌晨6點。次日早上回國。我們是第三批，也是最后一批，一共邀請了約50個學(xué)生參加面試，最后錄取8個。在那里呆了幾天，感覺這里雖然很適合做研究，但是有點太冷清，擔(dān)心夫人不習(xí)慣，二是附近沒什么中意的學(xué)校，去個紐約也有段路，我和夫人又不能分開（夫人對我有點情感小依賴，我對夫人的廚藝以及生活起居的照顧是絕對的大依賴）?；貋砗头蛉嗽敿殔R報了，夫人贊同我的看法。后來收到拒信，也不是特別難過的，一方面是預(yù)料中，另一方面如果有幸收到offer，將無比糾結(jié)。