菌落是指單個細菌（或其他微生物）細胞在固體培養(yǎng)基表面或內(nèi)部生長繁殖而形成的有一定形態(tài)結(jié)構等特征的能被肉眼識別的子細胞群落，它是由數(shù)以萬計相同的微生物細胞集合而成。當菌種樣品被稀釋到一定程度，與培養(yǎng)基混合，在一定培養(yǎng)條件下，每個能夠生長
繁殖的細菌細胞都可以在平板上形成一個可見的菌落。
菌落總數(shù)是指在一定條件下（如培養(yǎng)基營養(yǎng)成分、培養(yǎng)基pH、培養(yǎng)溫度和時間、菌種的需氧性等）每克（每毫升）檢樣所生長出來的細菌菌落總數(shù)。按照國家標準方法規(guī)定，在需氧情況下，37℃培養(yǎng)48h，能在普通營養(yǎng)瓊脂平板上生長出來的細菌菌落總數(shù)，所以厭氧菌或微需氧菌、有特殊營養(yǎng)要求的以及非嗜中溫的細菌，由于現(xiàn)有條件不能滿足其生理需求，故難以繁殖生長。因此菌落總數(shù)并不表示實際中的所有細菌總數(shù)。菌落總數(shù)并不能區(qū)分其中的細菌種類，所以有時被稱為雜菌數(shù)或需氧菌數(shù)等。
菌落形成單位（colony forming unit,CFU）是計算菌落數(shù)量的一種方法，其值越高表示樣品所含的細菌越多。菌落形成單位的計量方式與一般的計數(shù)方式不同，一般直接在顯微鏡下計算細菌數(shù)量時會將活的與死的細菌全部算入，但是CFU只計算活的細菌，其計算的方式是將一份樣本接種到瓊脂培養(yǎng)基上，待菌落生成，計算形成的菌落數(shù)。
菌落總數(shù)測定是用來判定食品被細菌污染的程度及衛(wèi)生質(zhì)量，它反映食品在生產(chǎn)過程中是否符合衛(wèi)生要求，以便對被檢樣品做出適當?shù)男l(wèi)生學評價。菌落總數(shù)的多少在一定程度上標志著食品衛(wèi)生質(zhì)量的優(yōu)劣。
食品的菌落總數(shù)嚴重超標，說明其衛(wèi)生狀況達不到基本的衛(wèi)生要求，將會破壞食品的營養(yǎng)成分，加速食品的腐敗變質(zhì)，使食品失去食用價值。消費者食用微生物超標嚴重的食品，很容易患痢疾等腸道疾病，可能引起嘔吐、腹瀉等癥狀，危害人體健康安全。
但需要強調(diào)的是，菌落總數(shù)和致病菌有本質(zhì)區(qū)別，菌落總數(shù)包括致病菌和有益菌，對人體有損害的主要是其中的致病菌，這些病菌會破壞腸道里正常的菌落環(huán)境，一部分可能在腸道被殺滅，一部分會留在身體里引起腹瀉、損傷肝臟等身體器官，而有益菌包括酸奶中常被提起的乳酸菌等。但菌落總數(shù)超標也意味著致病菌超標的機會增大，增加危害人體健康的幾率。
菌落總數(shù)的測定，一般將被檢樣品制成幾個不同的10倍遞增稀釋液，然后從每個稀釋液中分別取出1mL置于滅菌平皿中與營養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基混合，在一定溫度下，培養(yǎng)一定時間后（一般為48小時），記錄每個平皿中形成的菌落數(shù)量，依據(jù)稀釋倍數(shù)，計算出每克（或每毫升）原始樣品中所含細菌菌落總數(shù)。
基本操作
基本操作一般包括：樣品的稀釋－－傾注平皿－－培養(yǎng)48小時－－計數(shù)報告。
國內(nèi)外菌落總數(shù)測定方法基本一致，從檢樣處理、稀釋、傾注平皿到計數(shù)報告無何明顯不同，只是在某些具體要求方面稍有差別，如有的國家在樣品稀釋和傾注培養(yǎng)基，對吸管內(nèi)液體的流速，稀釋液的振蕩幅度、時間和次數(shù)以及放置時間等均作了比較具體的規(guī)定。
檢測方法
參見GB4789.2-94 《中華人民共和國國家標準 食品衛(wèi)生微生物學檢驗 菌落總數(shù)測定》
SN0168-92 《中華人民共和國進出口商品檢驗行業(yè)標準 出口食品菌落計數(shù)》
操作步驟
樣品的處理：
（1）以無菌操作取檢樣25g（或25ml），放于225mL滅菌生理鹽水或其他稀釋液的滅菌玻璃瓶內(nèi)（瓶內(nèi)預置適當數(shù)量的玻璃珠）或滅菌乳缽內(nèi)，經(jīng)充分振搖或研磨制成1：10的均勻稀釋液。
（2）固體檢樣在加入稀釋液后，最好置滅菌均質(zhì)器中以8000~10000r/min的速度處理1min，制成1：10的均勻稀釋液。
（3）用1ml滅菌吸管吸取1：10稀釋液1ml，沿管壁徐徐注入含有9ml滅菌生理鹽水或其他稀釋液的試管內(nèi)，振搖試管混合均勻，制成1：100的稀釋液。
傾注培養(yǎng)：
（1）根據(jù)標準要求或?qū)ξ廴厩闆r的估計，選擇2~3個適宜稀釋度，分別在制10倍遞增稀釋的同時，以吸取該稀釋度的吸管移取1ml稀釋液于滅菌平皿中，每個稀釋度做兩個平皿。
（2）將約15ml涼至46℃營養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基注入平皿，并轉(zhuǎn)動平皿，混合均勻。同時將營養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基傾入加有1ml稀釋液（不含樣品）的滅菌平皿內(nèi)作空白對照。
（3）待瓊脂凝固后，翻轉(zhuǎn)平板，置36±1℃溫箱內(nèi)培養(yǎng)48±2h，取出計算平板內(nèi)菌落數(shù)目，乘以稀釋倍數(shù)，即得每克（每毫升）樣品所含菌落總數(shù)。
計數(shù)和報告：
培養(yǎng)到時間后，計數(shù)每個平板上的菌落數(shù)?？捎萌庋塾^察，必要時用放大鏡檢查，以防遺漏。在記下各平板的菌落總數(shù)后，求出同稀釋度的各平板平均菌落數(shù)，計算出原始樣品中每克（或每毫升l）中的菌落數(shù)，進行報告。
注意事項：
（1）操作要快而準，包括材料、加樣、倒培養(yǎng)基。
（2）吸液體時液體不能進入吸頭。
（3）樣品稀釋時一定要混勻。
（4）倒培養(yǎng)基前，瓶口要過火焰。
（5）一定要有空白對照。
（6）培養(yǎng)基溫度控制，培養(yǎng)基薄厚。
（7）檢測時一定要使平皿完全暴露于空氣中。
2009年8月，河南省鄭州市食品藥品安全委員會辦公室公布樂百氏薄荷水菌落總數(shù)超標。
2009年10月，國家質(zhì)檢總局網(wǎng)站公布了對200種豆制品產(chǎn)品的抽查結(jié)果，有18款產(chǎn)品不合格登上了“黑名單”，其中，“川妹子”鹵香豆干菌落總數(shù)超過標準限量近70倍。
2010年8月，國家質(zhì)檢總局進出口食品安全局公布一批次進口自美國的“品客”薯片被發(fā)現(xiàn)菌落總數(shù)超標。
2010年10月，天津市工商行政管理局公布標稱鄭州上好佳食品工業(yè)有限公司“上好佳”谷維精華綠茶餅干菌落總數(shù)超標。
2011年6月，國家質(zhì)檢總局公布山西娃哈哈昌盛飲料有限公司生產(chǎn)的白葡萄汁飲品菌落總數(shù)超標。
2011年8月，北京全市停售“雨潤”老北京烤鴨、“福聚興”烤鴨、“大東老曹”牌烤鴨等4種菌落總數(shù)超標產(chǎn)品。
2011年10月，北京市食品安全辦公室公布北冰洋雙把雪糕因菌落總數(shù)超標停售。
2011年11月，蒙牛“隨變榛子巧克力雪糕”在“菌落總數(shù)、大腸菌群”兩個重要微生物指標中超標。
2011年12月，深圳市場監(jiān)督管理局公布包括“煌上煌”、“絕味”、“周黑鴨”等知名品牌熟制鴨脖的大腸菌群和菌落總數(shù)超標。
2012年1月，波力食品工業(yè)（昆山）有限公司生產(chǎn)的“波力海苔”（11.2g/包調(diào)味紫菜）被檢測出菌落總數(shù)超標。
2012年1月，北京市食品安全辦公室公布老才臣家庭裝火鍋調(diào)料火鍋蘸料菌落總數(shù)超標5倍有余。
2012年1月，食品安全監(jiān)管部門抽檢“滿記甜品”出售的芒果布丁因大腸桿菌超標近3倍，菌落總數(shù)超標13倍被下架。
