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一千美元掌握你的基因

 昵稱535749 2012-02-15

      2012年02月14日 09:31 國(guó)際先驅(qū)導(dǎo)報(bào)

  人類基因組上,有大量混亂的遺傳變異隱藏在DNA雙螺旋體中,導(dǎo)致了世界上千奇百怪的遺傳疾病,要捕捉這些神秘莫測(cè)的錯(cuò)誤基因代碼,就必須將整組基因組測(cè)序,來捕捉一些基因變異的罪魁禍?zhǔn)住?/SPAN>

個(gè)人基因組測(cè)序儀器能幫助人們更輕易地獲得自己的“生命密碼”,這有望給遺傳疾病治療帶來重大突破。
個(gè)人基因組測(cè)序儀器能幫助人們更輕易地獲得自己的“生命密碼”,這有望給遺傳疾病治療帶來重大突破。

  《國(guó)際先驅(qū)導(dǎo)報(bào)》特約撰稿金煜發(fā)自北京

  喬·貝利和麗塔是在美國(guó)加州工作的一對(duì)夫婦,過去20年來,他們一直在試圖搞明白自己的一對(duì)龍鳳雙胞胎到底患了什么怪病。兩個(gè)孩子,諾亞和亞歷克斯總是不斷嘔吐,肌肉萎縮,時(shí)常癲癇發(fā)作,還有時(shí)候無法控制行動(dòng)。雙胞胎長(zhǎng)到18歲時(shí),怪病的癥狀愈發(fā)嚴(yán)重,卻仍無法確診。

  直到父親喬·貝利此后加入到加州的“生命技術(shù)公司”——一家專做基因組測(cè)序的公司,這家人的命運(yùn)才改變了。在基因組測(cè)序儀器幫助下,他們發(fā)現(xiàn),兩個(gè)孩子此前一直都被誤診了,治療也不得當(dāng)。原來,女兒亞歷克斯身上有一個(gè)基因突變,降低了其大腦化學(xué)物質(zhì)—血清素和多巴胺的水平,而另一個(gè)孩子身上有著同樣的基因缺陷。

  今天,個(gè)人基因組測(cè)序成為目前生物界商業(yè)化最迅猛,發(fā)展最快速的產(chǎn)業(yè),如果你想為自己的基因組測(cè)序,花費(fèi)在5000美元以下,據(jù)預(yù)計(jì),這個(gè)價(jià)格今后甚至可能降到1000美元。

  捕捉基因變異的罪魁禍?zhǔn)?/STRONG>

  對(duì)于解開一些疑難病癥根源來說,個(gè)人基因組測(cè)序有著至關(guān)重要的作用。

  每個(gè)生物的一部分,哪怕只是一小段DNA,都包含著可以對(duì)這個(gè)生物的全部信息,對(duì)其基因的測(cè)序,如同解碼一樣,可以把隱藏在生物各種特性背后的秘密揭示出來。人類基因組上,有大量混亂的遺傳變異隱藏在DNA雙螺旋體中,導(dǎo)致了世界上千奇百怪的遺傳疾病,要捕捉這些神秘莫測(cè)的錯(cuò)誤基因代碼,就必須將整組基因組測(cè)序,來捕捉一些基因變異的罪魁禍?zhǔn)住?/P>

  基于基因組測(cè)序診斷,醫(yī)生決定給亞歷克斯的日常治療中加入了產(chǎn)生血清素的藥物,現(xiàn)在,諾亞和亞歷克斯都能正常地呼吸、運(yùn)動(dòng)和生活了。“基因組測(cè)序真的拯救了他們的生命。”母親貝利說。

  另一則好消息也在2012年年初由醫(yī)生們帶來。通過基因組測(cè)序,醫(yī)生們第一次可以辨別出一種極難診斷的疾病——線粒體病,這也是DNA測(cè)序首次在臨床界應(yīng)用。

  基因組測(cè)序的技術(shù)從2009年開始迅猛發(fā)展,但此前都只在實(shí)驗(yàn)室對(duì)幾千個(gè)疾病基因解碼,而現(xiàn)在,它正式向臨床界進(jìn)軍了。不知自己病在何處的病人和被疑難疾病困惑的醫(yī)生們,擁有了絕佳的工具。

  線粒體病會(huì)影響人體能量制造的過程,也是最難診斷的疾病之一。全球大約至少有5000人患有此病,這種疾病和很多基因有關(guān),而癥狀又會(huì)在不同器官上出現(xiàn),一些常見的癥狀是失明、癲癇、消化不良和肌肉酸痛。

  按照傳統(tǒng)方法,醫(yī)生可能需要花上數(shù)月甚至數(shù)年才能診斷出這種疾病,而且還需要對(duì)人體肌肉進(jìn)行活檢,但是最近,悉尼默多克兒童研究所和哈佛醫(yī)學(xué)院的科學(xué)家們,在對(duì)42名患有這種疾病癥狀的兒童進(jìn)行基因組測(cè)序后,終于發(fā)現(xiàn)了導(dǎo)致這種疾病的基因突變。

  42名對(duì)象兒童中,有10名兒童的基因突變直接和線粒體疾病有關(guān),他們完全可以對(duì)癥下藥了,另外還有13名兒童身上,有著和已知疾病沒有關(guān)系的基因突變,科學(xué)家稱,在確定了這些基因的功能之后,也可以對(duì)這些兒童進(jìn)行治療。

  “我們很激動(dòng),”研究者塔克說,“這些兒童所患疾病的診斷都是很難用傳統(tǒng)方法找出來的。”

  墨爾本莫納什大學(xué)的科學(xué)家馬修·麥克肯茲評(píng)價(jià),這是一次很棒的研究,他說,要在線粒體疾病患者身上尋找基因突變?nèi)缤诟刹荻阎袑ふ乙桓樢粯与y,“我想這是基因組測(cè)序進(jìn)入臨床試驗(yàn)的很好的結(jié)果?!?/P>

  風(fēng)頭蓋過谷歌的科技黑馬

  9年前,科學(xué)家們做出了第一次人體整合基因組測(cè)序,很快,這種技術(shù)如同星火燎原般發(fā)展起來。越來越多的基因組測(cè)序公司出現(xiàn),為個(gè)人基因組測(cè)序的價(jià)格則在不斷下降,于此同時(shí),這種新技術(shù)也正進(jìn)入醫(yī)院。

  一家提供基因組測(cè)序設(shè)備的公司Illumina公司最近以570億美元的高價(jià)被全球最大的抗癌藥物公司,瑞士羅氏控股所收購(gòu),業(yè)內(nèi)預(yù)測(cè),在激烈的競(jìng)爭(zhēng)下,個(gè)人基因組測(cè)序的價(jià)格今后會(huì)降到1000美元,這就比目前一些常用的檢查如結(jié)腸鏡檢查都要便宜了,專家預(yù)測(cè),在不遠(yuǎn)的將來,DNA掃描會(huì)成為醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的常規(guī)檢查。

  ILLumna公司是基因組測(cè)序公司中的新起黑馬,其在2008年美國(guó)成長(zhǎng)最快的科技公司評(píng)選中,風(fēng)頭甚至蓋過了谷歌。它們提供的產(chǎn)品可以直接給病人使用。

  同為基因組測(cè)序領(lǐng)域的領(lǐng)跑者的還有“太平洋生物公司”(Pacific Bio)實(shí)力雄厚,其也提供基因組測(cè)序設(shè)備,目前,其商業(yè)基因組測(cè)序設(shè)備也已經(jīng)不僅只局限于研究者,而開始向公眾開放。

  另一家公司,“整合基因”公司(CG)則在生物公司領(lǐng)域大名鼎鼎。這是第一家把個(gè)人基因組測(cè)序拿出來當(dāng)產(chǎn)品賣的公司,也是唯一一家不出售設(shè)備,但直接提供基因組測(cè)序服務(wù)的公司。在迅猛發(fā)展的基因組測(cè)序領(lǐng)域,這家公司走在最前,連“整合基因”的名字都被他們注冊(cè)了。

  “整合基因”又叫“整體基因組測(cè)序”,指的是在實(shí)驗(yàn)室里,對(duì)一組完整的生物基因組一次測(cè)序完成的過程。

  自動(dòng)化加速測(cè)序速度

  根據(jù)《新科學(xué)家》雜志對(duì)CG公司的探訪,這家公司已經(jīng)完全自動(dòng)化,進(jìn)行測(cè)序的,并不是研究人員,而是一排排的機(jī)器人。

  這家公司的“前臺(tái)”就是一座計(jì)算機(jī)終端,會(huì)主動(dòng)向來客問好,詢問姓名、身份和來訪意圖。旁邊連接的一臺(tái)打印機(jī)則自動(dòng)打出訪客掛牌。與此同時(shí),一份電子郵件已經(jīng)發(fā)送到內(nèi)部接應(yīng)人員的電腦上。

  其生產(chǎn)線更像科幻電影里的實(shí)驗(yàn)室,昏暗藍(lán)色的房間里到處都是高級(jí)儀器,室內(nèi)溫度保持在28℃和相對(duì)較高的濕度,幾名穿著實(shí)驗(yàn)服,帶著發(fā)罩的工作人員在監(jiān)視著電腦屏幕,查看著機(jī)器人的運(yùn)作狀態(tài)。這兒已經(jīng)成為了世界上最大的人類基因組測(cè)序工廠。

  在一個(gè)大約只有半個(gè)網(wǎng)球場(chǎng)大的房間里,“坐著”16臺(tái)機(jī)器人,不間斷地進(jìn)行著人類基因組測(cè)序的工作。2010年,它們完成800個(gè)人的基因組測(cè)序工作——其中三分之一是后半年做出來的。而在去年,它們已經(jīng)可以每個(gè)月生產(chǎn)出400個(gè)人的基因了。

  目前,CG公司的每對(duì)基因組測(cè)序要價(jià)已經(jīng)從過去的幾百萬美元降到了5000美元,而他們與醫(yī)學(xué)界的合作,也已經(jīng)產(chǎn)生了很多讓人驚喜的結(jié)果,公司名詞常出現(xiàn)在《科學(xué)》等權(quán)威期刊上。他們?cè)状伟l(fā)布了三個(gè)完整人類基因組序列分析的結(jié)果,并宣布,測(cè)序的成本已經(jīng)可以降到1726美元,這在生物界引起了轟動(dòng),此后,其又和西雅圖系統(tǒng)生物學(xué)研究所合作,為一家四口基因組進(jìn)行測(cè)序,判斷出了兩個(gè)孩子患有罕見的隱性遺傳病——米勒綜合征和纖毛運(yùn)動(dòng)障礙。

  隨著微生物處理、計(jì)算機(jī)技術(shù)和信息技術(shù)的發(fā)展,基因組測(cè)序的技術(shù)慢慢被人類掌握,但此前,要用人工的方法來尋找錯(cuò)誤的基因片段,是如同“大海撈針”般的非常龐大的科學(xué)工程。而目前,CG公司就引領(lǐng)了機(jī)器人自動(dòng)測(cè)序的潮流,當(dāng)基因組測(cè)序變成自動(dòng)化的過程后,其效率會(huì)大大增強(qiáng),測(cè)序時(shí)間縮短,測(cè)序價(jià)格下降。

  CG公司首席執(zhí)行官克利福德·里德說,現(xiàn)在大家都在拼速度和效率,今后幾年,基因組測(cè)序的能力可以增加100倍以上。

  最終獲益的將是病人

  另一個(gè)挑戰(zhàn)是要開發(fā)能夠讓醫(yī)院和醫(yī)生們用上重要基因數(shù)據(jù)的軟件。目前,谷歌公司已投入了2千萬美元的初始資金到軟件開發(fā)中來,希望能夠加速這些數(shù)據(jù)的應(yīng)用。

  還有一些公司,如“基因組探索”公司和“軟件基因?qū)W”則在開發(fā)各類軟件,幫助醫(yī)生們可以從大量的基因變異數(shù)據(jù)中得到有用的信息。而一家為公眾進(jìn)行基因組測(cè)序的公司,克諾姆公司則立志于進(jìn)行DNA分析,也在展開醫(yī)院可用軟件的咨詢和執(zhí)照申請(qǐng)工作。

  曾在蘋果公司和沃爾瑪公司工作過的軟件工程師馬丁·里斯,也通過自己的新公司奧米尼亞公司開發(fā)可以對(duì)海量的基因變異數(shù)據(jù)進(jìn)行篩選的系統(tǒng)。其表示,可以將花時(shí)半年之久的人工分析過程縮減到自動(dòng)化狀態(tài)下的一個(gè)小時(shí)甚至半小時(shí)。

  一些人甚至走得更遠(yuǎn),Illumina公司的首席執(zhí)行官杰爾·弗萊特里對(duì)媒體說,目前已經(jīng)開發(fā)出存儲(chǔ)人體基因組測(cè)序數(shù)據(jù)的應(yīng)用程序,今后,病人們可以直接拿著智能手機(jī)去看病。

  據(jù)行內(nèi)預(yù)計(jì),臨床醫(yī)學(xué)界將涌現(xiàn)一股使用基因組測(cè)序的熱潮,今后幾年,基因組測(cè)序全球產(chǎn)業(yè)將可以從現(xiàn)在的15億美元增加到100億美元。

  最終獲益的將是病人。隨著爆炸性的基因組數(shù)據(jù)產(chǎn)生,可能很快就會(huì)帶動(dòng)一些遺傳疾病治療的變革,比如,困擾人類百年的癌癥。目前,美國(guó)國(guó)家癌癥協(xié)會(huì)也在積極和各基因組測(cè)序機(jī)構(gòu)和公司合作,希望能找到個(gè)體腫瘤出現(xiàn)的起因。

  “這是我所見的腫瘤學(xué)中最大的變革?!泵绹?guó)癌癥協(xié)會(huì)主席哈羅德·瓦爾穆斯說,“人們可以得到病人腫瘤的基因信息,癌癥治療也正在發(fā)生巨變。

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