企業(yè)辦公自動化系統(tǒng)(企業(yè)OA)從名稱上講與辦公軟件有相近之處，從概念上講象MS Office等桌面辦公軟件也是辦公自動化的組成部分。但從企業(yè)辦公自動化系統(tǒng)(企業(yè)OA)的典型概念上，與桌面辦公軟件有著很大的差異。
桌面辦公軟件應(yīng)該說也是一種重要的辦公自動化工具。但它們主要解決的是個人辦公，面向的是個人工作效率的提高。雖然目前桌面辦公軟件也逐漸有一些協(xié)同工作的功能，但都還是簡單的協(xié)作，而無法面向企業(yè)級的、復(fù)雜的工作流程與協(xié)同工作。
而企業(yè)辦公自動化系統(tǒng)(企業(yè)OA)則主要面向的是企業(yè)整體辦公效率的提高，其重點在于對跨崗位、跨部門的流程進行電子化處理，提高協(xié)同工作的效率與規(guī)范性，加強各部門間的知識共享，提高整體辦公效率等等。
